基于RNA-Seq高通量测序技术的大口黑鲈转录组分析

摘要

文章以大口黑鲈(Micropterus salmoides)组织作为研究对象,利用RNA-seq技术进行转录本测序和数据分析,经拼接组装,最终获得35659条unigenes,序列平均长度738 bp,序列长度中位数(N50)为1052 bp.另外从长度分布与GC含量等方面对unigenes进行评估,数据显示测序质量好、可信度高.使用6大数据库(KOG、Nr、Pfam、Swiss-Prot、GO和KEGG)注释大口黑鲈转录组unigenes,分别对应有15832、21279、14524、16973、15024和11185条unigenes获得注释.其中,5617条unigenes在以上所有数据库中同时注释成功,17253条unigenes至少被一个数据库注释.KEGG分析结果显示,获得注释的11185条unigenes被划分到267个代谢通路中,参与信号转导通路的unigenes数量最多,共有1349条(12.06％).另外还检测到4030个微卫星(SSR)位点.通过对大口黑鲈转录组测序,获得了大量的转录组信息,为大口黑鲈的功能基因克隆、基因组学、遗传多样性分析、分子标记开发及遗传改良等研究奠定了基础.