基于RNA-Seq高通量测序技术的大鲵转录组分析

摘要

为发掘大鲵的功能基因,该研究以大鲵组织作为研究对象,利用RNA-seq技术对大鲵进行转录本测序和数据分析,经拼接组装共获得132,912条Unigene,序列平均长度690bp,N50为1263bp.从长度分布与GC含量等方面对Unigenes进行评估,数据显示测序质量好,可信度高.此外,也预测出132,416个能编码蛋白的Unigenes.使用9大数据库CDD、KOG、NR、NT、PFAM、Swiss-Prot、TrEMBL、GO和KEGG注释大鲵转录组unigenes,分别对应有24,049,18,406,36,711,15,858,20,500,27,515,36,705,28,879和10958条Unigenes获得注释.其中,6,323条Unigenes在以上所有数据库中同时注释成功,39,672条Unigenes至少被一个数据库注释.KEGG分析比对获得10,958条注释Unigenes被划分到343个代谢通路中,参与信号转导通路的Unigenes数最多,共有2,644条(24.12％);其次是免疫系统通路的Unigenes有1,368条(12.48％).最后我们还检测到了29,790个SSR位点.通过对大鲵转录组测序,获得了大量的转录组信息,为进一步的大鲵功能基因克隆、基因组学、遗传多样性分析和分子标记开发等研究奠定了基础.