油菜次生休眠种子转录组的RNA-seq分析

摘要

为研究油菜种子次生休眠特性的分子机制,本文对一个油菜强次生休眠品种在次生休眠诱导前(CK)和诱导后(SD)的种子转录组进行了RNA-seq分析.2个样品测序的有效数据均超过4G,从头拼接获得314261个序列长度≥100bp的转录本,其中长序列转录本(＞500bp)29740个.根据长序列转录本的功能注释信息,有1641个转录本可被分类到24种COG类群,有16515个转录本可被GO分类到2648个功能节点.在2倍以上RPKM变化和p＜0.001显著性水平条件下,从上述转录本中鉴别出452个代表性差异表达转录本,其中343个成员找到了对应的拟南芥同源基因,且有17个成员的差异表达信息同样出现在已报道的休眠种子差异表达数据中.在31个已知的种子休眠调控基因中,有29个基因在油菜种子转录组中获得了转录本信息,而在仅有的5个表达差异显著的基因中有4个成员涉及脂肪酸代谢,暗示脂肪酸代谢信号可能参与到油菜种子次生休眠诱导发生.本研究不仅丰富了油菜次生休眠种子表达谱信息,也提供了分离油菜种子次生休眠基因的重要信息。