油菜脂肪酸延长酶基因fae1片段的克隆与SNP分析

摘要

脂肪酸延长酶基因fae1是调控油菜芥酸合成的关键基因.本研究利用GenBank中的fae1基因序列AF490462为模板设计引物,通过多聚酶链式反应(PCR)从白菜、甘蓝和甘蓝型油菜(包括2个人工合成种)的12个不同品种中扩增出长1 007bp的fae1基因片段.PCR产物经与克隆载体pGEM-T vector连接和序列测定,获得12个品种的fae1基因片段的DNA 序列.对来自12个不同品种的fae1基因序列进行比较分析表明:fae1基因具有高度序列保守性,扩增长度均为1 007 bp,核苷酸序列相似度达98%以上,氨基酸序列的保守性更高.在1007 bp的区间内共发现23个SNP(single nucleotide polymorphism)位点,其中有11个单核苷酸变异导致了编码氨基酸的改变.人工甘蓝型油菜和天然甘蓝型油菜的fae1基因片段未发现明显差异.发现了高芥酸品种与低芥酸品种的fae1基因、以及A基因组与C基因组的fae1基因特有SNP位点.