猪繁殖与呼吸综合征病毒GX1003株全基因序列测定与分析

摘要

为了解广西省猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的遗传变异情况,采用RT-PCR对PRRSV 广西地方分离株GX1003株全基因组进行分段扩增、测序与分析.结果表明,不包括Poly(A)尾,GX1003株基因组全长为15 320 nt.同源性分析表明,GX1003株与比对的国内外PRRSV美洲型毒株全基因核苷酸及其推导氨基酸序列的同源性分别为85.0％～99.4％和82.1％～99.1％,与欧洲型代表株LV株的同源性分别为60.6％和51.3％.序列分析表明,GX1003株的NSP2编码区存在第481位aa和第533～561 aa发生30个氨基酸的不连续缺失,具有高致病性PRRSV(HP-PRRSV)的遗传特征；同时,在不同编码区出现与HP-PRRSV代表株JXA1株不同的遗传变异现象.遗传进化分析表明,比对的所有美洲型毒株可以分为4个亚群,GX1003株分布在以JXA1株为代表的亚群4中.表明PRRSV广西地方分离株GX1003株属于HP-PRRSV,但其基因组在不同区域发生了新的遗传变异.