变异分析

摘要： 为了揭示麻核桃坚果表型的变异规律,筛选商品一致性较好的品种,以目前市场上常见的9个麻核桃品种为研究对象,观察坚果的形状、颜色、纹路、质地,以及果顶和果底情况;测量坚果的横径、纵径和棱径,计算果形指数和三径均值,并对这些表型性状进行变异分析、相关分析、主成分分析和聚类分析。变异分析结果显示,‘白狮子头’单果重为22.41 g,‘鸡心’横径为37.43 cm、果形指数为1.07,‘白狮子头’纵径为38.98 cm、棱径为41.34 cm、三径均值为38.99 cm,指标值均高于其他品种;‘白狮子头’的单果重变异系数为15.94%,‘公子帽’的果形指数变异系数为4.13%,‘满天星’的三径均值变异系数为5.47%,指标值均较小。相关分析结果显示,麻核桃的果形指数与其他5个性状均相关不显著,其中与单果重、纵径和棱径呈负相关;单果重与横径、纵径、棱径和三径均值均呈极显著正相关,且三径之间及其与三径均值之间的相关性也均达到了极显著正相关。主成分分析结果显示,‘白狮子头’‘满天星’‘苹果园狮子头’和‘南将石’综合得分靠前,4个品种的坚果形状、个头和单果重等综合评价较好。聚类分析结果显示,当欧氏距离为5时,9个麻核桃品种可以分为4类,‘满天星’‘苹果园狮子头’‘大官帽’和‘白狮子头’为第一类,‘鸡心’和‘南将石’为第二类,‘虎头’和‘细纹狮子头’为第三类,‘公子帽’单独为一类;当欧式距离为10时,上述第一类和第二类聚为一类,第三类和第四类聚为一类,说明其亲缘关系较近。不同品种麻核桃的表型性状存在较大差异,‘满天星’和‘白狮子头’果实较大且表型性状符合玩家审美,其单果重和三径均值的变异系数均较小,遗传多样性较差,果形丰富度小,商品一致性较好,适合农户种植增产增收。

摘要： 为了保证对工程质量检测机构的信用水平评估的科学性,构建了全面、系统地反映工程质量检测机构信用水平的评估指标体系。通过扎根理论建立了初步指标体系;并通过信息量方法、病态指数、Pearson相关系数和变异分析的方法分别对指标体系的显著性、独立性做了审查;最后基于独立信息波动赋权方法对构建的指标体系的合理性做了检验。结果显示,所建立的指标体系合理有效。

摘要： 为探究普通油茶杂交亲本选配和授粉树配置对果实性状的影响,以4个普通油茶优良无性系为材料,通过不完全双列杂交获得12个组合的杂交果实,分析杂交组合可配性和杂交果实性状变异,估算配合力,探讨杂交果实性状间的相关性。结果表明,以‘闽43’‘闽60’为母本的杂交组合、‘闽50’‘闽54’为父本的杂交组合的平均亲和指数较高。杂交果实性状的变异系数在7.00%~59.58%之间,单果籽粒数变异系数最大,其次是单果鲜籽重,种仁含油率变异系数最小。12号杂交组合在单果鲜籽重、单果鲜籽率和种仁含油率方面均表现较好。除种仁含油率外,杂交果实性状间呈不同程度的相关性。综合杂交组合可配性、果实性状变异、配合力效应值,筛选出‘闽43’和‘闽60’为优良母本,‘闽50’和‘闽54’为优良父本,优良杂交组合为12号(‘闽60’ב闽54’)。

摘要： 为分析现阶段猫泛白细胞减少症病毒(FPV)基因组变异情况,采集疑似FPV阳性的猫粪便样品,接种F81细胞进行病毒分离,通过PCR技术、间接免疫荧光试验对分离株进行鉴定。并对分离株全基因组进行分段扩增,克隆决定病毒宿主范围和抗原性的VP2基因,与GenBank中相关的参考毒株序列VP2基因进行同源性比较。结果表明:成功获得1株猫泛白细胞减少症病毒,将其命名为FPV-SH05-2020。遗传分析表明,FPVSH05-2020株与中国MN908257株和MT614366株亲缘关系较近;VP2基因及全基因组与参考毒株的VP2基因及全基因组同源性分别为98.3%—99.9%和94.2%—98.8%。本研究可为更好地预防和控制FPV提供参考。

摘要： 开展林果加工利用是林下经济的重要模式,针对黑龙江广泛分布的山丁子资源,开展果实、种仁利用型山丁子种源调查。研究表明:各个调查地和山丁子优树之间果实指标和单株产量差异十分普遍。东京城优树在单果重上变异系数达到49.96%,单枝产量上达到49.76%;林口调查地在单枝产量上变异系数达到60.61%;绥阳山丁子优树间,单果重和果柄长变异大;柴河山丁子优树单果重变异系数最大,达到98.33%;苇河优树在单果重上也变异显著。

摘要： 【目的】揭示大果甜杨桃叶片表型性状的多样性及挖掘其优异种质资源,提高优胜大果甜杨桃种质资源的保护和利用水平。【方法】以广西壮族自治区农作物品种审定委员会审定的5种大果甜杨桃种质资源为研究材料,对6个复叶性状、3个顶生小叶性状和3个侧生小叶性状进行测定,通过变异分析、相关性分析、主成分分析和聚类分析研究其叶片表型及多样性特征。【结果】12个性状的变异系数范围为9.97%~28.94%,平均变异系数为16.86%,多样性较为丰富;大果甜杨桃叶片12个表型性状间存在不同程度的相关性,可为其叶片性状的改良提供一定的理论依据;主成分分析将12个数量性状分为4个主成分,累计方差贡献率为80.723%,可作为大果甜杨桃叶片性状选择的综合指标;聚类分析结果表明,当平方欧氏距离为5时,将所有材料分为3个类群,第2类群在复叶长、复叶宽、复叶主轴长等9个表型性状指标中均最优,可作为叶片性状育种优先考虑的种质资源。【结论】综合各供试杨桃品种表型性状的变异分析、相关性分析、主成分分析等分析结果,大果甜杨桃2号在复叶长、复叶宽、复叶主轴长、复叶鲜质量、小叶数量、顶生小叶长、侧生小叶长、侧生小叶宽和侧生小叶鲜质量9个表型性状指标中表现较优,可作为叶片性状育种优先考虑的品种。

摘要： 为建立早熟结球甘蓝综合评价体系,并筛选综合性状优良的早熟结球甘蓝品种。选用14个早熟结球甘蓝品种为材料,对测量的33个农艺性状指标进行变异分析、主成分分析、模糊综合评价以及聚类分析。结果表明,不同结球甘蓝各性状变异系数介于4.68%~30.12%之间。各品种指标间存在差异,其中球叶数与中心柱高,中肋长与中肋外表面积,中肋中部厚度与中肋上部厚度、中肋下部厚度,中心柱下部宽度与中心柱表面积,叶皱缩度与叶球宽,中部叶间距与上部叶间距、下部叶间距,叶纵卷指数与叶侧卷指数、叶长、叶宽之间均呈极显著正相关;主成分分析提取了叶片着生、中心柱、叶球、厚度、质量、中心柱上部宽度因子,累贡献率为81.701%,表明以上6个为关键因子;计算因子综合得分并进行排序,排名前5的品种依次为20-H16、日本绿玉、20-H22、20-H18、XC60-3;对33个分析指标进行模糊综合评价,综合隶属函数得分排名结果与因子综合得分结果一致,表明该评价体系具有可行性。结果表明,20-H16综合得分最高,品质最优,可进一步作为甘蓝育种的材料。

摘要： 该试验以‘伏脆蜜’枣的24个实生后代为试材,对其主要的果实性状进行测定。结果表明,可溶性固形物、维生素C、糖及酸含量的数值分布符合正态分布,单果重的变异系数最大,变异系数最小的为可溶性固形物含量,维生素C、可溶性糖、有机酸含量均与可溶性固形物含量呈正相关,有机酸含量与维生素C含量呈极显著正相关。进行主成分分析可得,伏4在参试样品中果实性状表现最差,伏21果实性状表现最佳。

摘要： 为了获得更多表型变异丰富的油菜资源,本研究以源自全国38个油菜生产地区的128份甘蓝型油菜品系为材料,通过测定这些品系在2020年贵阳生态环境下的株高、角果粒数、角果长度、一次有效分枝数、主花序长度和主花序角果数,利用SPSS软件进行表型变异分析、特异值分析和相关性分析,以明确这些材料的表型变异丰度,并筛选特异性种质。结果表明:128份材料在6个农艺性状上的变异系数范围为2.33%~25.76%,变异幅度大小为:主花序角果数>角果长度>角果粒数>一次有效分枝数>株高>主花序长度。特异值分析发现,128份材料在6个性状上的极端变异品系数量大小为:主花序角果数>主花序长度>株高和角果粒数>一次有效分枝数>角果长度。相关性分析表明,株高与角果粒数、角果长度、主花序长度、主花序角果数的相关系数为0.953~0.982,呈显著正相关,而与一次有效分枝数的相关系数为0.01,无显著相关性。综合所有分析结果,本研究共筛选到极端变异材料共16份,并获得株高适中、农艺性状表现较好、产量潜力较大的宜机化油菜品系1份。本研究结果为培育油菜高产新品种和开展基础研究奠定基础。

摘要： 利用^(60)Co辐射诱变贵州地方粳稻品种桥港珍珠米获得短穗小粒突变体sp18,鉴定其表型特征,并进行遗传与分子标记连锁分析,全基因组重组序列分析及突变基因分析。结果表明,与野生型相比,突变体sp18的株高增加,有效穗没有显著变化,而结实率、穗长、穗粒数和千粒重较野生型显著减少。利用水稻SSR标记进行初步定位,发现第11号染色体上的分子标记RM 167和RM 27150与目的基因连锁,物理距离分别为19.1 cM和41.5 cM处。突变体和野生型进行全基因组重测序分析,发现sp18在第11号染色体上缺失322720 bp(7189868~7512630 bp之间)。在缺失区域内包括Os11g0235200、Os11g0235700、Os11g0235750、Os11g0236000、Os11g0236100、Os11g0236200、Os11g0237900、Os11g0238000、Os11g0238400、Os11g0238700、Os11g0239000、Os11g0239200、Os11g0239400、Os11g0239500、Os11g0240600和Os11g0240900。其中Os11g0235200编码肽转运蛋白,为已克隆的短穗基因sp1。Os11g0236000编码磷酸甘油二酯磷酸二酯酶家族蛋白,参与生长素信号传导。Os11g0239500和Os11g0240600均编码赤霉素受体GID 1 L 2,参与赤霉素的调控。因此,短穗小粒突变基因sp18为sp1的新等位基因,然而sp18突变体呈现出与sp1既相似而又不同的突变表型特征,推测可能是sp18基因组大片段缺失,包括多个与植物激素相关的基因的缺失而导致的。

摘要： 目的：多花黑麦草(Lolium multiflorum Lam.)是世界栽培牧草中的优良禾本科牧草.为更好地利用多花黑麦草种质资源，本文分析多花黑麦草引进种质资源的形态性状变异分析。 方法：本研究对引自国外的15份多花黑麦草种质的15个形态性状和农艺性状进行了变异系数、相关性分析、主成分分析和聚类分析. 结果:15份材料间存在较大变异,除单株干重外,其余性状在供试材料间均表现出显著性差异,变异系数范围为10.28％～39.15％,变异系数平均值为19.49％,从小到大依次为小穗数□小穗长□株高□分蘖数□千粒重□花序长□倒二叶长□小花数□茎粗□第一节间长□倒二叶宽□旗叶宽□旗叶长□单株干重□单株鲜重.主成分结果表明,前5个主成分累积贡献率达到84.50％,第1主成分以株高为主要特征;第2主成分以旗叶和倒二叶长、宽为主要特征;第3主成分以花序长和小花数为主要特征;第4主成分以千粒重为主要特征;第5主成分以产草量为主要特征. 结论：15份种质材料经基于欧氏距离的UPGMA聚类分析被划分为3大类,类别间存在较显著的差异,其中第2类因其植株高大、叶片宽大的特点,有具备选育高产种质的潜力.

摘要： 目的：通过全基因组拷贝数变异分析,为部分不明原因早期癫痫脑病患儿明确病因,对明确该类疾病基因-临床表型的关系提供帮助.方法：选择不明原因的的早期癫痫脑病患儿18例,采用SNP芯片行全基因组拷贝数变异检测,利用生物信息学分析手段,分析致病的拷贝数变异.结果：18例不明原因早期癫痫脑病患儿中,其中2例携带可能致病性拷贝数变异.结论：通过SNP芯片技术对18例不明原因早期癫痫脑病患儿行全基因组拷贝数变异分析,为11.1％(2/18)患儿明确了病因.SNP芯片作为一种高通量、使用范围最广的全基因组CNVs分析平台,将在不明原因早期癫痫脑病的病因诊断中发挥重要作用.本实验为确定早期癫痫脑病相关基因及其表型关联研究打下基础.

摘要： 目的：分析不明原因EEEs患儿的遗传学病因,明确部分患儿的病因诊断,为实现不明原因EEEs的早期诊断、风险评估及产前诊断提供理论基础.方法：选择不明原因EEEs患儿53例,采用SNP芯片行全基因组拷贝数变异检测,联合FISH和生物信息学分析手段,分析致病的拷贝数变异.结果：在53例不明原因早期癫痫脑病患儿中,4例携带可能致病性拷贝数变异.结论：本研究利用SNP芯片技术对53例不明原因EEEs患儿行全基因组拷贝数变异分析,发现7.5％(4/53)患儿携带可疑致病性拷贝数变异,提高了对不明原因EEEs基因-临床表型关系的认识,为发现新的EEEs候选易感基因提供可能.

摘要： 按照卫生部推进公立医院改革，规范临床诊疗行为，提高医疗服务质量，控制不合理医疗费用的要求，临床路径管理模式依托医院信息化平台引入信息系统的推行和管理，探索信息系统对临床路径实施管理，以标准路径为引擎，建立实现从路径导入、路径执行与监控、变异分析、质量统计评估的管理功能。通过电子病历建立平台以满足功能的实现，逐步完善临床路径的实用性。

摘要： 变异分析是一种广泛用来评估软件测试技术性能的方法.已有的变异分析技术通常将变异算子平均地应用于原始程序.由于现实程序中的故障分布往往具有群束的特征,采用平均分布的变异分析方法评估软件测试技术性能时缺乏可信性.在前期中,我们提出了非均匀分布的变异分析方法.通过扩展广泛实践的Mujava工具,开发了支持非均匀分布的变异生成系统MujavaX.采用一个实例系统验证了开发的MujavaX,结果表明该系统能够生成指定分布的非均匀变体集合.

摘要： 对上海珍禽场送检的2只疑似新城疫（ND）的孔雀进行实验室诊断，包括：临床剖诊、细菌分离、新城疫病毒荧光RT-PCR检测以及DNV F基因的序列分析。结果为内脏病料新城疫荧光RT-PCR检测为阳性；通过DNAstar分析所得序列，F基因核苷酸同源性为81.1%~96.8%，与EF592508黑龙江毒株的同源性最高达到96.8%，基因系统进化树表明，该分离株与黑龙江毒株的关系较近，均为强毒株。

摘要： 利用RT-PCR方法对2006年到2009年期间，从河南省不同地区疑似猪繁殖与呼吸综合征病毒的猪场中，成功分离出9株PRRSV河南病毒株。根据GenBank上已发表的PRRSVCH-1a和VR2332株设计扩增NSP2和ORF5全长的4对引物，对9株河南分离株进行扩增和测序。结果显示，9株河南分离株的NsP2全长为2850bp-2937bp，编码氨基酸为950—979个。对9株分离株NSP2和ORF5进行核苷酸序列测定分析和绘制进化树，结果都表明9株河南分离株都属于美洲型毒株，9个毒株之间的NSP2和ORF5的氨基酸同源性分别为76.3%-99.2%和87.9%-99.8%，与VR2332，CH-1a，BJ-4比对，其中有6株的NSP2氨基酸发生30个氨基酸的缺失，这与09年河南省流行株HN0701缺失完全一致，而HeN-2株与河南流行株HN0702的NSP2全长和缺失也相同。将HeN-3株与VR2332，BJ-4进行比对.并对HeN-3株NSP2和ORF5的进化树，以及ORF5糖基化位点和毒力分析都表明，HeN-3株很可能是由疫苗株演变而来。

摘要： 本实验采用RT-PCR和3'-Full RACE技术，分段扩增、克隆了2006、2007年分离到的PRRSV毒株CBB-1和CWZ-1的全基因组，测序后拼接获得了2个重庆分离毒株的全基因组序列。CBB-1、CWZ-1株全基因组长度分别为15353bp和15344bp，序列比较显示二者的基因结构相同。CBB-1，CWZ-1与欧洲型毒株LV株同源性低于62.0%，与美洲型传统参考毒株全序列同源性在89.3%-97.1%，与变异毒株的同源性高达98.9%-99.4%。序列比较显示二者与参考变异毒株都在Nsp2的481位和532～560位不连续缺失30个氨基酸。参考国内外已发表的序列绘制进化树发现这2个分离毒株均属美洲型，从遗传进化以及变异情况看，与JxA1属同一亚群，这进一步证明了这种变异毒株成为我市的流行毒株。

摘要： 对哈尔滨市3个具有代表性的紫丁香分布区内的紫丁香的主要观赏性状进行调查分析.调查结果表明:不同生境下紫丁香群体内部存在较大的变异;花器官变异较大的生境是哈尔滨市丁香园;通过主成分分析表明:紫丁香形态学性状的主要变异来源于花冠直径、花梗长度、花序长度以及叶形因素.通过环境因素和紫丁香形态相关性分析表明:环境因素中的土壤水分含量、电导率、地表温度对紫丁香的生长影响较大.

摘要： 为了了解河北省规模猪场PRRSV的变异情况，采用RT-PCR方法对2006-2009年采集的14个典型发病场的病料样本进行PRRSVNsp2基因扩增、克隆和测序，利用DNAstar软件分析所测序列。结果表明，从样本中扩增的14个Nsp2基因中，有8份均在第481位和533～561缺失30个氨基酸，有8份没有缺失。表明，危害河北省规模猪场的PRRSV已经发生了较大的变异，其中2006-2007年的属高致病，陛PRRSV毒株，而其它年份高致病性和低致病性PRRSV毒株在规模猪场中均存在。

摘要： 本发明提出了一种用于基因组碱基变异检测的数据分析方法及分析系统，将原始基因组测序的结构数据进行分割为多个子数据序列，并存储到分层分布式数据库中；对存储到分层分布式数据库中的多个子数据序列进行质量过滤，并对过滤后的子数据序列与参考序列进行比对；评估子数据序列和参考序列的相似度，进而获得碱基型的概率；生成目标碱基位置的候选变体可能性的分类评分。

摘要： 本发明涉及一种拷贝数变异的分析方法、分析装置、设备及存储介质。本发明提供的上述拷贝数变异的分析方法通过调用相应的应用程序对二代测序的DNA测序数据依次进行抽提、比对、标记区分、统计分析，最终得到CNV区域的read的占比和/或拷贝数，最终结果准确性高，分辨率好，尤其是在抽提过程中，根据靶标区域的碱基数目、测序读长以及预设的平均深度来确定待抽取的read数目，这样可以有针对性的对不同的测序结果进行分析，分析结果的可靠性大大提高。

摘要： 本发明涉及一种拷贝数变异的分析方法、分析装置、设备及存储介质。本发明提供的上述拷贝数变异的分析方法通过对二代测序的DNA测序数据依次进行抽提、比对、标记区分、统计分析，最终得到CNV区域的read的占比和/或拷贝数，最终结果准确性高，分辨率好，尤其是在抽提过程中，根据靶标区域的碱基数目、测序读长以及预设的平均深度来确定待抽取的read数目，这样可以有针对性的对不同的测序结果进行分析，分析结果的可靠性大大提高。

摘要： 作为本发明的一个方式，进行以下的分析，使对每个碱基种类进行了标记的分析对象的核酸样本进行电泳，检测每个碱基种类的标记信号，生成检测强度的波形数据，对每个碱基种类的上述波形数据的各峰值位置选择其他的峰值位置，计算各峰值位置的信号强度相对于选择出的其他峰值位置的信号强度的相对信号强度，在各峰值位置对分析对象的核酸样本的相对信号强度和已知的核酸样本的相对信号强度进行比较，进行与核酸样本的碱基排列坐标位置的各碱基种类的存在相关的分析。由此，实现高灵敏度、高精度地取得与作为目标的基因区域中存在的微量的基因变异相关的信息。

摘要： 一种用于表征从基因组样品中鉴定的变异体的变异体表达状态的方法(100)，包括：(i)获取(110)基因组样品的DNA测序数据；(ii)获取(110)基因组样品的RNA测序数据，其中所获取的RNA测序数据还包括每个变异体的表达数据；(iii)将比对DNA和RNA测序数据合并(130)成合并比对；(iv)相对于参考基因组来鉴定(140)多个变异体以生成一组变异体；(v)表征(150)至少多个变异体中的每个变异体的RNA编辑和/或表达状态，其中表达状态包括多个等位基因特异性表达分类中的一个等位基因特异性表达分类，多个等位基因特异性表达分类包括变异体的替代等位基因的表达信息和变异体的参考等位基因的表达信息(如果有的话)；以及(vi)生成(160)包括变异体的所表征的表达状态的报告。

摘要： 本发明提出了一种用于基因组碱基变异检测的数据分析方法及分析系统，将原始基因组测序的结构数据进行分割为多个子数据序列，并存储到分层分布式数据库中；对存储到分层分布式数据库中的多个子数据序列进行质量过滤，并对过滤后的子数据序列与参考序列进行比对；评估子数据序列和参考序列的相似度，进而获得碱基型的概率；生成目标碱基位置的候选变体可能性的分类评分。

摘要： 本发明涉及一种拷贝数变异的分析方法、分析装置、设备及存储介质。本发明提供的上述拷贝数变异的分析方法通过调用相应的应用程序对二代测序的DNA测序数据依次进行抽提、比对、标记区分、统计分析，最终得到CNV区域的read的占比和/或拷贝数，最终结果准确性高，分辨率好，尤其是在抽提过程中，根据靶标区域的碱基数目、测序读长以及预设的平均深度来确定待抽取的read数目，这样可以有针对性的对不同的测序结果进行分析，分析结果的可靠性大大提高。

摘要： 本发明涉及一种拷贝数变异的分析方法、分析装置、设备及存储介质。本发明提供的上述拷贝数变异的分析方法通过对二代测序的DNA测序数据依次进行抽提、比对、标记区分、统计分析，最终得到CNV区域的read的占比和/或拷贝数，最终结果准确性高，分辨率好，尤其是在抽提过程中，根据靶标区域的碱基数目、测序读长以及预设的平均深度来确定待抽取的read数目，这样可以有针对性的对不同的测序结果进行分析，分析结果的可靠性大大提高。

摘要： 一种安全访问图像审阅单元的方法，包括：分诊单元，该分诊单元被配置为基于参考图像确定感兴趣图像是正常的还是异常的，以及基于参考图像中所指示的正常特征来从感兴趣图像提取正常特征，其中参考图像和感兴趣图像由同一医学成像设备或同一医生或同一医疗机构获取；以及图像变换单元，该图像变换单元被配置为基于参考图像来重构感兴趣图像，以将感兴趣图像中的正常特征与参考图像中的正常特征对准。

摘要： 本发明公开了一种精细化降水时间变异特征空间分析方法，包括以下步骤：对卫星降水数据和地面站点观测降水数据分别进行预处理操作；采用二次多元回归方程进行统计降尺度；使用站点资料对分别对两个降尺度数据误差校正；两种降尺度数据融合；降水次网格化；降水格点趋势性、波动性以及年内分配变化分析。相比于传统获取降水时间变异特征空间分布的方式，本发明可以获取更加有效精细的降水空间分布状况。