基因组序列

摘要： 近日,多地报告发现奥密克戎变异株感染病例,引发广泛关注。针对奥密克戎变异株,国家卫生健康委员会组织中国疾控中心专家就有关问题作了最新解答:1.奥密克戎变异株的发现和流行情况2021年11月9日,南非首次从病例样本中检测到一种新冠病毒变异株。11月26日,世界卫生组织将其命名为Omicron(奥密克戎)变异株。全球新冠病毒数据库GISAID显示,截至2022年1月17日,118个国家提交了奥密克戎病毒基因组序列374314条。目前,奥密克戎变异株已成为全球优势流行株。

摘要： 为了解我国近年来新出现的禽副黏病毒4型(APMV-4)的生物学特性,对2020年分离鉴定的3株鸭源APMV-4进行致病性分析和基因组测定。结果显示:3株APMV-4分离株F蛋白裂解位点均为116DIPQR↓F121,1日龄雏鸡脑内接种致病指数(ICPI)为0~0.23,对鸡表现为低致病力。3株分离毒株基因组长度均为15054 nt,基因组结构顺序均为3'-N-P-M-F-HN-L-5',符合典型的副黏病毒基因组“六碱基原则”;病毒3'端具有55 nt的前导序列,5'端存在17 nt的尾随序列,各基因间有9~42 nt的基因间隔序列;3株分离毒株与APMV-4代表株同源性最高(97.2%~97.5%),与其余禽副黏病毒同源性为37.1%~47.3%,与中国香港、韩国分离株高度同源。结果表明,我国新出现的鸭源APMV-4为弱毒株,基因组序列同源性较高,关键氨基酸位点未发生变异。本研究为进一步了解APMV-4和科学防控APMV-4感染提供了参考。

摘要： 我国科学家在第一时间成功分离鉴定出严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)并与全球分享其基因组序列,极大地促进了新冠肺炎诊断方法、药物和疫苗的发展。中国疾病预防控制中心、上海交通大学医学院附属瑞金医院感染科临床病毒研究室/国家转化医学研究中心(上海)和中国农工民主党中央参政议政部的研究人员搜集相关资料,梳理了国内外新冠疫苗的研发进展和全球使用情况,对完善免疫策略、开展加强免疫、推进老年人群接种等问题进行了深入探讨。

摘要： 2008年1月开始的国际千人基因组计划(1KGP)是一项旨在建立迄今为止最详细的人类遗传变异目录的国际研究工作,其收集了来自四个不同洲的数千人的遗传多样性基因组序列,可帮助解决与疾病相关的遗传变异。2010年,该计划试验阶段已完成,取得丰硕成果。第一是获得了迄今最详尽的人类基因多态性图潜,第二是探索出了研究基因多态性的新技术手段。

摘要： 基于龙眼基因组和转录本数据,共鉴定了260 204个SSR位点,平均每1 Mb含有538.24个SSR位点.在全基因组中,二核苷酸重复基序所占比例最大,为36%;在转录本中,三核苷酸重复基序所占比例最大,达50%.在基因组序列和转录本中,发现不同长度基序的SSR重复次数的分布规律基本相似,均表现为基序越短,重复次数越多,出现频率越高.在全基因组中,共有20 761个基因含有SSR位点,16 381个基因不含SSR位点,SSR位点多分布于基因的内含子区域.此外,龙眼及其近缘种全基因组SSR分布规律比较分析表明,龙眼SSR的分布规律与荔枝最为相似,龙眼与荔枝的近缘关系也高于其他物种;在本研究所有物种的SSR序列中,A+T含量均显著高于G+C含量,表明含有A/T核苷酸的SSR位点在无患子科植物中的含量尤为丰富.

摘要： 国际科学团队端粒到端粒联盟(T2T)宣告第一个完整的、无间隙的人类基因组序列问世,这本人类生命“天书”终于完整了。其首次揭示了高度相同的节段重复基因组区域及其在人类基因组中的变异,这是对标准人类参考基因组,即2013年发布的参考基因组序列(GRCh38)的重大升级。

摘要： 为了解我国新出现的禽副黏病毒14型(APMV-14)的基因组特性,对2022年从我国家禽中新分离到的2株APMV-14毒株进行了基因组测序和序列分析。结果显示:两株毒株基因组长度均为15444 nt,结构均为3'-N-P-M-F-HN-L-5',3'前导序列和5'尾随序列长度分别为55和277 nt,各基因间隔序列长度不等(2~36 nt);2株毒株F蛋白裂解位点均为99REGR↓L103,具有低致病性禽副黏病毒分子特征;2株毒株HN蛋白长度均为607 aa,明显长于2011年日本分离株APMV14/duck/Japan/11OG0352/2011(580 aa)。同源性分析显示,我国分离的2株不同宿主来源的APMV-14毒株基因组核苷酸同源性为99.5%,与APMV-14代表株11OG0352同源性最高(91.0%),与其余禽副黏病毒同源性仅为45.0%~52.3%;遗传进化分析显示,2株APMV-14毒株与日本APMV-14分离株(11OG0352)位于同一分支。综上所述,本研究中的2株来源于不同宿主(鸡和鸭)的APMV-14毒株基因组序列高度同源,说明APMV-14已具备水禽—陆禽的跨种传播能力。本研究为APMV-14生物学特性等相关研究奠定了基础。

摘要： 该文通过将生物学特征和生物学含义引入DNA序列数据的压缩处理中,提出了基于生物信息学特征的基因组序列的Context建模熵编码技术,拟结合基因组序列特点,研究针对基因组序列的Context建模熵编码技术。在算法中DNA序列根据组成部分生物学含义的不同切分重组为4个集合:编码序列CDS集合、内含子序列集合、RNA序列集合以及剩余序列的集合。根据各集合中序列的具体生物学特征分别进行预处理,并通过熵编码算法进行压缩。实验结果表明,该算法在基准测试序列上的压缩性能优于原有的DNA序列压缩方法,特别是对于生物信息学特征清晰的长序列,算法能够在较短的时间内获得较高的压缩率。

摘要： 为了给今后应用于耐药性肺炎克雷伯菌感染的噬菌体生物制剂的开发提供依据,本试验分离鉴定多重耐药肺炎克雷伯菌裂解性噬菌体并进行遗传信息分析.以多重耐药肺炎克雷伯菌为宿主菌,从医院污水中分离肺炎克雷伯菌噬菌体并进行纯化、电镜观察形态特征、生物学特性分析、提取噬菌体DNA,进行全基因组测序,分析全基因组的结构特征,比较基因组分析其进化关系.结果 显示:分离得到肺炎克雷伯菌裂解性噬菌体Kp-8329,属于有尾噬菌体目、长尾病毒科;基因组全长46907 bp,有116个开放阅读框,未检出tRNA和rRNA相关基因;噬菌体Kp-8329与大肠埃希菌属噬菌体有较为接近的进化关系.结果 表明,Kp-8329是一种潜伏期短、裂解效率高、耐高温以及耐酸碱的噬菌体,可考虑用于耐药性肺炎克雷伯菌感染的噬菌体生物制剂的开发.

摘要： 伴随着世界人口激增、耕地面积锐减以及极端天气频发等问题,世界粮食安全依然面临严峻挑战.为应对各种挑战,选择生物量大、抗逆能力强、营养高效的野生多倍体水稻进行从头驯化,培育高产、优质、多抗且环境适应性强的新型作物是人类应对日益严峻挑战的有效策略之一.本文系统论述了作物育种技术的发展、多倍体作物的优势以及稻属资源的多样性,并从种质筛选、技术突破、可行性等方面重点介绍了多倍体水稻从头驯化的育种策略,同时对这一全新育种策略的发展前景进行了展望.

摘要： 目的：优化无特定病原体(SPF)主要组织相容性复合体(MHC)单倍型鸭HBW-SPF的遗传学稳定性检测技术. 方法：以中国农业科学院哈尔滨兽医研究所(国家禽类实验动物种子中心)培育并保存的F1至F5世代HBW-SPF鸭为基础,根据位于MHC区域的鸭抗原处理相关转运体分子(Tap)基因,分别基于Tap1基因组序列的短串联重复序列(STR)、Tap2的肽结合区序列以及Tap2全基因组序列,分析F1-F3代HBW-SPF鸭的遗传稳定性. 结果：F0鸭的STR技术,在F1代完全稳定;F1代约2kb的编码区序列存在多个变异点,且都有2个等位基因,根据STR标记确定的单倍型与毗邻的Tap2基因未完全连锁;利用基因组序列对F2代的遗传学检测中,B1和B2群鸭完全保守,B3鸭出现24个变异点,且皆为2个等位基因.利用Tap2基因组1-714和1-663nt的核苷酸序列与F0代进行比对,结果1-663nt检测序列完全纯合. 结论：根据Tap2基因组的1-663nt的核苷酸序列区域建立的分型技术,适合MHC单倍型SPF鸭的遗传学质量监测.

摘要： 猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)是由猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)引起的重要的病毒性传染病之一,对中国乃至世界各地的养猪业造成了巨大的经济损失.为研究近年来中国规模化猪场区域内的PRRSV遗传和演化情况,本研究根据GenBank中登陆的PRRSV的基因组序列,分别设计针对NSP2和ORF5基因序列的扩增引物,采用RT-PCR方法对2014-2016年山东某规模化猪场送检的117份病料进行检测,RRSV阳性病料57份,并对阳性病料的NSP2基因和ORF5基因测序和遗传演化分析.

摘要： 为分析河南省原阳县试验基地出现的大白菜繁种株地上部萎蔫、地下根部异常肿大的病因,从感病植株根部组织上分离得到病原分离物YY,通过形态特征、细胞学观察及致病性鉴定,初步确认为芸薹根肿菌(Plasmodiphora brassicae Woron.).分别设计合成根肿菌基因组序列D85819特异引物及Pro1基因特异引物,对该病原菌DNA进行PCR扩增得到特异的目的条带,经测序及序列分析发现,该病原物序列分别与根肿菌基因组序列D85819及Pro1基因序列高度一致,一致性均达99％,表明分子鉴定与形态学鉴定结果一致.综上分析,此例大白菜根部肿大现象是由芸薹根肿菌侵染引起的根肿病。

摘要： 截至2010年3月,在公开领域来自草莓属所有种的可用ESTs数量为58622,有47743个来自森林草莓,其中大部分来自夏威夷4号(Hawaii-4)的非生物胁迫下的组织.在CSREES和USDA国家研究启动基金的资助下,现已获得了夏威夷4号(Hawaii4)的序列,以增加草莓EST的多样性,因为从已知的草莓属eDNA文库中可能推测出,大约75％的可用草莓核苷酸序列来自各个发育时期的凤梨草莓果实转录本.大部分森林草莓文库是利用完整植株的混合RNA样本构建成的。最近利用流式细胞仪估算出了几个森林草莓基因型的基因组大小。森林草莓基因组序列的可用性，将对人们理解八倍体草毒基因组的构建和进化产生巨大影响。

摘要： 为了探明烟草脉带花叶病毒危害和流行的机制,使用RT-PCR技术扩增获得TVBMV云南分离物YN9.1基因组全序列,并进行了基因组结构、序列同源性、氨基酸保守基序、系统进化和重组分析.结果表明,YN9.1基因组具有Potyvirus属病毒典型特征,含有在Potyvirus属病毒中较为少见的NIb/CP切割位点Q/N;YN9.1与其他分离物核苷酸序列同源性为90.5％-91.1％,氨基酸序列同源性为95.2-96.2％.与YND核苷酸和氨基酸序列同源性最高;对HC-Pro和CP保守基序进行了分析.YN9.1具有RITC、PTK、DAG等病毒蚜虫传播保守基序,其中RITC在Potyvirus属病毒中常见形式为KITC;系统进化树分析结果显示,TVBMV进化形成2个组,云南分离物独立进化形成一组,TVBMV进化与地域具有明显的相关性;重组分析发现PY为ZC1和YN的组内重组体,重组位点位于HC-Pro3'末端和NIb5'端.

摘要： 根据GenBank中Ⅰ型鸭肝炎病毒的基因组序列,应用Oligo6.0软件设计合成了2对特异性引物,建立了Ⅰ型鸭肝炎病毒的巢式RT-PCR检测方法.结果显示,该检测方法具有特异性强、敏感性高、重复性好等优点,可以准确快速检测出极低含量(1pg)的Ⅰ型鸭肝炎病毒.本研究解决了该病在组织病料中检出困难的难题,为工型鸭病毒性肝炎的快速诊断、净化及深入研究奠定了基础.

摘要： 根据GenBank中登录的禽网状内皮组织增生病病毒(RaEV)基因组序列,设计合成了2对引物,外部引物的扩增片段大小为467bp,内部引物的扩增片段大小为314bp.建立了适合REV快速检测的套式PCR方法.采用该方法对REV毒株进行了检测,结果显示能扩增到314bp的条带;禽流感病毒(H9亚型)、新城疫病毒、传染性法氏囊病病毒、减蛋综合征病毒、禽白血病病毒、禽呼肠孤病毒、马立克氏病病毒的扩增结果均为阴性.该方法第1次扩增的敏感性是100pg,第2次扩增的敏感性是1fg,第2次比第1次扩增的敏感性高105倍.所建立的套式PCR方法具有敏感性高、重复性好、特异性强等优点,可用于禽网状内皮组织增生病的临床诊断和分子流行病学调查.

摘要： 根椐GenBank中已发表的禽呼肠孤病毒(ARV)、禽网状内皮增生病病毒(REV)、禽白血病病毒(ALV)等3种病毒基因组序列,设计了3对分别与ARV、REV和ALV某段基因序列互补的引物.在建立各病毒单项RTPCR技术的基础上,优化三重RT-PCR反应条件,建立了3种病毒的三重RT-PCR技术.结果表明,用这3对引物对同一样品中的ARV、REV、ALV核酸模板进行三重RT-PCR扩增,可同时扩增ARV的247bp,ALV的675bp,REV的467bp的特异性片段,而对其他6种禽病病原的PCR扩增结果均为阴性.敏感性测定结果表明,该三重RT-PCR技术能检出10pg的ALV、1pg的ARV和10pg的REV模板.用42份临床病料对本研究多重RT-PCR技术和单项RT-PCR技术进行对比验证,结果显示,两者的总符合率为92％以上.表明建立的多重RT-PCR检测方法,具有特异、快速、准确的特点,可用于对这3种病毒的同时检测和鉴别诊断.

摘要： 转座子(transposon)是可以通过不同转座机制可转移的DNA分子.转座子的分布十分广泛,从原核生物到真核生物的大多数生物基因组中都能发现转座子.转座子可以通过引起基因组序列的删除、扩增、倒位、移位、断裂等重排作用扩充生物的遗传多样性.毛竹基因组中含有多类转座子.此次主要研究毛竹基因组中各类转座子插入的偏好性,分析各类转座子在不同基因间区的分布情况.以毛竹基因组为材料,下载毛竹基因组中的外显子序列、内含子序列、启动子序列等,利用毛竹基因组数据库和Repeat Masker软件计算出各类转座子在基因附近位置的含量.在对毛竹基因中转座子的数据研究中,结果发现每类转座子在不同区域的含量各不相同:除Unknown-class以外,LTR类的转座子含量明显高于DNA类转座子;而在LTR类转座子中,Gypsy和Copia两个家族的转座子含量最高,在DNA类转座子中,MUDR和Fn-SPm家族的高倍数明显高于其他DNA类转座子.根据各类转座子在基因组上的实际分布和理论分布,对这些数据做卡方检验分析,最后发现:当自由度为25时各类转座子的X2均明显小于卡方值,所以这些转座子的分布含量符合理论含量.由此可见,转座子的分布是具有选择性的,每一类转座子的插入都影响毛竹的生长发育.深入的研究转座子在毛竹基因组中的分布有助于进一步的了解毛竹基因组的组成和进化以及对毛竹各组织器官的影响.

摘要： LTR-逆转座子是构成基因组特别是植物基因组序列的重要组分.它们对其寄主基因组的进化过程起到关键作用.马铃薯是重要的经济作物和粮食作物.马铃薯全基因组序列的公布为人们进一步研究其遗传组成提供了遗传基础.本文以马铃薯全基因组序列为材料,分离鉴定了1613个完整的LTR-逆转座子.通过分析LTR-逆转座子在马铃薯基因组中的分布、种类、转座插入时间等信息,发现与己知的其它植物,如水稻、大豆相比,其转座高峰时期(2-4百万年)并不相同.最后,通过分析转座插入时间和编码序列的完整性,获得两个可能具有活性的转座子家族,对其序列结构和编码蛋白结构进行了分析注释.

摘要： 本文提供了用于从模板多核苷酸精确测序和检测表观遗传信息的方法和设备。也提供了用于长片段链置换扩增多核苷酸的方法、具有用于多步处理的选择性可渗透屏障的微流体设备，和使用微流体设备进行多核苷酸扩增的方法。

摘要： 本发明涉及用于确定样品基因组的完整性和/或由样品的基因组的确定性限制位点全基因组扩增获得的DNA序列的文库的质量的方法，包括以下步骤：(a)提供DNA序列的文库：(b)使用至少一个第一引物对、一个第二引物对和一个第三引物对通过PCR扩增DNA序列的文库，引物对各自杂交至具有1000bp至5000bp长度并对应分别位于第一、第二和第三染色体臂上的基因组的序列的文库的DNA序列，扩增的步骤产生各自为50bp至1000bp并各自具有与其他不同的尺寸的第一、第二和第三PCR产物；(c)检测第一、第二和第三PCR产物；(d)将第一、第二和第三PCR产物的存在与样品的基因组的完整性和/或DNA序列的文库的质量相关联。

摘要： 一种用于鉴定人类基因组DNA中一个或多个基因组变异的方法，包括使用Alu、MIR、SVA序列基引物，并对测定混合物进行转座子间聚合酶链式反应(ITE‑PCR)，以产生一阵列包含ITE基因组区段的扩增子。还提供了所述方法在鉴定与性质或者疾病相关的一个或多个基因组变异中的应用。

摘要： 本发明涉及生物信息技术领域，具体涉及一种基于后缀树算法的基因组测序序列与参考基因组比对的方法。本发明提供的基于后缀树算法的基因组测序序列与参考基因组比对的方法包括构建参考基因组索引以及将基因组测序序列与参考基因组索引进行序列比对的步骤，其中，所述构建参考基因组索引包括如下步骤：(1)构建参考基因组索引的初步后缀树；(2)将所述初步后缀树中含有分叉的节点转换成节点数字，不含有分叉的节点转换成节点矩阵，构建后续用于比对的最终后缀树。本发明提供了一种占用内存相对较小、运行速度较快的、基于后缀树算法进行序列比对的方法，有效降低了读入索引对计算机内存的要求。

摘要： 提供了以定向的方式修饰包含嵌合基因的转基因植物的植物基因组的方法和工具，其中所述嵌合基因具有植物分子生物学中常用的DNA元件。提供了重新设计的大范围核酸酶，用于切割此类常用于植物分子生物学中的元件。

摘要： 本公开提供了一种通过解释全基因组为用户掌握第一手知识和经验的技术。所述技术以可扩大显示的方式通过图形描绘了基因组序列中的变化，并提供了平台，由此用户可以查找和研究这些变体的生物学意义。该技术还提供了设计为获取和提高参与社区的集体知识的独特的协作环境。

摘要： 本发明提供一种基因组叠阵组装方法及系统、一种基因组架构组装方法及系统以及一种基因组序列组装方法及系统，属于生物信息技术领域。本发明通过稳健回归技术优化一个全局损失函数来确定测序序列之间的叠落关系，消除假阳性比对的干扰，从而得到更准确的组装叠阵集，避免组装基因组上拷贝数的缺失或者错误拼接；基于回归矩阵计算进行叠阵排列的估计，对异常值的容忍度更高，除非歧义的样本信息数量多于真实样本的数量，不会出现“崩溃”的情形；通过重抽样技术对测序数据进行多次独立地采样、组装、改进、评估，然后整合成最终的组装基因组，可以减少由测序数据中的噪音给组装结果带来的不确定性，降低组装结果对组装参数选择的敏感性。

摘要： 本公开中描述的方法和设备包括依据描述所述参考基因组和与所述参考基因组先前比对的基因组序列之间差异的语法元素来表示参考基因组。借助语法元件的子集来描述每个比对的基因组序列。描述所有基因组序列的语法元素根据其统计性质按块分割。每个语法元素块被熵编码。然后，熵编码的块串联形成压缩的比特流。凭借语法元素表示参考基因组与比对的序列之间的差异，语法元素根据其统计性质按块分割，每个语法元素块被熵编码。这些熵编码的语法元素被嵌入描述比对的读段的语法元素的编码块的比特流中。所公开的方法使得能够在解码压缩的基因组序列时重建用于比对的参考基因组，同时保留对压缩的数据的随机访问的不同选项并且使得能够高效压缩。

摘要： 一种癌症测试，包括：处理从对象(6)采集的可疑组织样本(10)，以生成可疑全基因组序列(WGS)(20)；处理从所述对象采集的正常组织样本(12)，以生成正常WGS(22)；计算将所述可疑WGS与所述正常WGS进行比较的WGS比较度量；以及基于计算出的所述WGS比较度量来识别所述可疑组织样本是否包括癌症组织。一种肿瘤勾勒方法，包括：在肿瘤(100)中或肿瘤附近采集来自对象(6)的多个检验组织样本(104)；记录所述检验组织样本的采样位置；基于所述检验组织样本的基因测试将对应于癌症的每个检验组织样本进行分类；以及，基于所述检验组织样本的所述分类和所记录的采样位置来勾勒所述肿瘤的边界(110)。

摘要： 检测数字形式的微生物基因组中数字形式的基因组序列的计算机执行方法，包括：在计算机存储器中存储(60)一组为恒定长度k的数字基因组序列或“k‑mer”，该组通过将长度为k的窗口在基因组序列上以恒定跨度滑动获得；对于每个k‑mer，确定(802)其在基因组中存在或不存在；如果检测的k‑mer在基因组中存在的百分比高于预定的阈值，则确定(806，808)基因组中存在所述基因组序列。