基于单细胞测序构建基因共表达网络发现新冠病毒感染标志物

摘要

目的 基于新冠病毒感染者的外周血单细胞转录组测序数据,构建基因共表达网络,探究新冠病毒感染人体T细胞作用机制及生物标志物.方法 经过单细胞测序标准化数据整合分析后,将外周血细胞进行聚类注释,选取5种T细胞亚群进行分析.分别计算每个细胞亚群中基因之间的Pearson相关性系数及P值,选取合适的阈值对边进行筛选,并对获得的差异表达基因进行网络映射,构建反映人体T细胞应对新冠病毒感染的基因共表达网络.结果 构建了以真核翻译延伸因子1α1(EEF1A1)基因为中枢的核心共表达网络,网络中的基因表达在新冠病毒感染患者中显著下降,在康复患者中又得以恢复上升.共表达网络和差异分析所得基因的功能富集分析结果表明,新冠病毒感染人体后的T细胞亚群核糖体相关的信号通路和功能本体被显著富集.结论 基于新冠病毒感染患者单细胞测序数据构建的基因共表达网络,发现了 一组以EEF1A1为中枢的具有相似表达模式的功能基因,该基因有望作为新冠病毒感染的诊治标志物.