我国登革1型病毒广州株基因组全序列测定与分析

摘要

目的:对引起1980年广州登革热流行的登革1型病毒(GZ/80)株的基因组全序列进行测定,为进一步了解病毒基因组结构与功能的关系, 从分子水平探讨登革病毒的传播和流行规律及致病机制提供依据.方法:用广州登革热流行期间从患者血清中分离的GZ/80株病毒感染乳鼠,取鼠脑制备病毒RNA.对基因组编码区分段进行RT-PCR扩增,非编码区采用RACE法进行cDNA扩增.然后将特异产物纯化后与pGEM-T easy载体连接,分别进行克隆测序.结果:GZ/80株基因组全长10?735?nt,5′和3′非编码区长度分别为94?nt和465?nt;基因组单一的读码框架长度为10?176?nt,编码3?392个氨基酸.与登革1型病毒16007株、WestPac74株、新加坡S275/90株和FGA/89株核苷酸序列的同源性分别为94%,93%,95%和91%;推测的氨基酸序列的同源性分别为98.0%,97.9%,97.9%和97.1%.结论:GZ/80株基因组大小及结构与已知的登革1型病毒其他地区分离株一致.系统发生树分析显示,GZ/80株属于第Ⅱ基因型,与台湾87株、88株和泰国80株为同一基因型.提示广州登革热流行的病原可能来自我国.