生物信息学分析影响胶质母细胞瘤生物学行为的关键基因

摘要

cqvip:目的应用生物信息学方法分析与胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)生物学行为密切相关的关键(HUB)基因。方法在基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)中获取GBM相关芯片数据,并利用R语言分析GBM组织与正常脑组织之间的差异表达基因;利用GO数据库和KEGG数据库对差异表达基因进行功能富集和注释;利用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction,PPI),分析HUB基因;利用TCGA数据库分析HUB基因对胶质瘤患者预后的影响。结果共鉴定出628个差异表达基因,其中87个为上调基因,541个为下调基因。生物学过程主要富集在神经递质分泌、胞外分泌的监管、化学突触传递等方面。通过不同算法的比较,最终得到19个HUB基因,HUB基因主要富集的信号通路包括逆行神经的信号通路、突触囊泡循环通路及GABA相关通路等。在HUB基因中GABRD基因表达情况与肿瘤预后显著相关。结论DNM1、RBFOX1、GABRD等HUB基因可能在GBM的生物学过程中发挥重要作用。