基于RNA-Seq技术的犏牛囊胚冷冻前后单核苷酸多态性和可变剪切分析

摘要

目的 对犏牛囊胚玻璃化冷冻前后的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)和可变剪切(alternative splicing,AS)进行比较分析.方法 采用普通娟珊牛精子和牦牛卵母细胞,以体外授精(in vitro fertilization,IVF)的方式获得犏牛囊胚.提取犏牛新鲜囊胚和经玻璃化冷冻复苏后的犏牛冻融囊胚总RNA,构建文库并进行高通量测序.采用SAMtools-0.1.19和ASprofile软件分别进行SNP和AS分析.结果 犏牛新鲜囊胚和冻融囊胚样本通过去低质量序列、去接头污染等过程后,分别得到51 099 116和54 192 358条待分析数据(Clean Reads).新鲜囊胚和冻融囊胚分别检测到116 681和224 750个SNP位点.在新鲜囊胚转换型SNP中,C/T类型数量略多于A/G类型;但在冻融囊胚中,A/G类型数量略多于C/T类型;两样本颠换型SNP中,A/T所占比例最少.新鲜囊胚和冻融囊胚转换和颠换型SNP的比例分别为2.57和2.45.新鲜囊胚和冻融囊胚分别检测出49 388和65 241个AS事件,主要有5种AS类型,其中转录起始区域和转录结束区域AS所占比例最大.结论 利用RNA-Seq技术对玻璃化冷冻前后犏牛囊胚SNP和AS进行比较分析,可为后续人类胚胎冷冻前后相关基因功能分析和挖掘提供有效数据和理论基础.