火炬松热胁迫cDNA文库的EST-SSR预测

摘要

以火炬松热胁迫cDNA文库的EST序列为材料,对EST序列进行聚类、拼接等处理后,再进行EST-SSR标记的预测.结果表明:火炬松热胁迫eDNA文库4 283条EST序列经CAP3拼接后,获得2 062个UniGene,其中934个Contig,1 128个Singletons.对UniGene利用SSRIT在线软件分析得到110条EST-SSR.拼接后的UniGene含有SSR位点的频率为4.32%,SSR在火炬松EST上的分布密度为每14.6 kb出现1个SSR.这些EST重复基元中,二核苷酸重复和三核苷酸重复最多,分别占60.90%和36.36%;四、六核苷酸重复分别占0.91%、2.73%;没有五核苷酸的重复基序.所有的核苷酸重复基元中,二核苷酸AT所占比例最高,约占42.73%;三核苷酸重复中,比例最高的是AAG和AGG,均占7.33%.上述研究结果对于开发火炬松新分子标记与开展分子辅助育种的研究具有一定的指导意义.