猪皮下与内脏脂肪组织mRNA转录组的构建与差异分析

摘要

[目的]研究猪皮下脂肪和内脏脂肪的表型和代谢差异,找出差异转录本.[方法]选取长白母猪的皮下脂肪(背部皮下脂肪)和内脏脂肪(大网膜脂肪和肠系膜脂肪)进行表型测定及高通量转录组测序(RNA-Seq).[结果]①背部皮下脂肪体积最大,大网膜次之,肠系膜的脂肪体积最小;与皮下脂肪相比,内脏脂肪中饱和脂肪酸含量更高(P＜0.01)而不饱和脂肪酸的含量相对较低(P＜0.05);②转录组测序共获得30 532 913～33 479 707个唯一比对到基因组的读段(reads),鉴定了22 015个转录本,覆盖猪已注解转录本的80.2％,同时还发现4 583～4 765个新的转录本、936～1029个可变剪切、16 559个单核苷酸多态位点(SNPs)和1 481个插入/缺失位点(INDELs).③皮下脂肪和内脏脂肪间差异表达的基因共有183个,基因注释(GO)和代谢通路(Pathway)分析发现它们在不饱和脂肪酸合成、羧酸代谢和炎症反应过程中有重要作用.[结论]提供了猪皮下脂肪和内脏脂肪的完善转录组信息,获得了影响脂肪酸代谢的潜在候选基因,为进一步揭示皮下脂肪和内脏脂肪的功能特征与差异提供了数据基础.