大数据挖掘影响肺腺癌总生存的分子机制

摘要

目的大数据挖掘影响肺腺癌总生存的分子机制。方法分析癌症基因组图谱(TCGA)数据库中肺腺癌RNA测序数据,将肺腺癌样本中上调的mRNA分别在10套GEO基因芯片数据中进行生存分析。应用生物信息分析方法探索微小染色体维持蛋白4(MCM4)基因上游相关的微小RNA(miRNA)以及长链非编码RNA(lncRNA)。结果MCM4mRNA高表达,在10套独立数据中均可致肺腺癌总生存下降(χ^2=4.16~10.70,P<0.05)。与MCM4呈显著线性负相关的miRNA为miR-338-3p(r=-0.379,P<0.01),与MCM4呈显著线性正相关的lncRNA为ENSG00000228801.5(r=0.438,P<0.001)、ENSG00000234129.3(r=0.461,P<0.001)、ENSG00000259758.1(r=0.431,P<0.001),并且利用miRanda及DIANAtool数据库证明了调控的可信性。结论ENSG00000228801.5→miR-338-3p→MCM4、ENSG00000234129.3→miR-338-3p→MCM4、ENSG00000259758.1→miR-338-3p→MCM4通路与肺腺癌病人的总生存相关。