藜麦叶片响应低氮胁迫基因的可变剪接事件分析

摘要

缺氮环境对藜麦生长不利,为鉴定和分析藜麦响应低氮的可变剪接基因,采用Illimina Hiseq?分别对低氮处理(氮浓度:1.42 mmol·L-1)的藜麦叶片和对照组(氮浓度:7.1 mmol·L-1)藜麦叶片的转录组进行测序.结果表明,对照组(CK)中26 094个基因发生可变剪接事件68 764个,低氮处理组(LN)中25 562个基因发生可变剪接事件66 611个.两组处理的可变剪接事件均以第一个外显子可变剪切(TSS)和最后一个外显子可变剪切(TTS)两种类型为主.对比两组发生可变剪接的基因发现LN组中有1 041个新基因发生可变剪接,存在147个显著差异表达基因.GO功能富集分析表明,发生可变剪接的差异基因主要富集于代谢过程、刺激反应、转移酶活性及水解酶活性等功能上.KEGG通路分析表明,可变剪接差异基因显著富集到DNA复制、异源末端链接、抗坏血酸和醛酸代谢、错配修复系统等通路上,表明这些差异可变剪接基因参与了藜麦低氮胁迫的响应.