2020年云南省曲靖地区手足口病患儿柯萨奇病毒A6型VP1区基因特征分析

摘要

目的对2020年云南省曲靖地区手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例中的柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)VP1区基因特征进行分析。方法(1)直接从HFMD病例粪便标本中提取人类肠道病毒(human enteroviruses,EVs)RNA,先用MD91/OL68-1引物对病毒VP4/VP2结合区基因进行逆转录-聚合酶链反应(Reverse-Transcription Polymerase Chian Reaction,RT-PCR)和测序,确定病毒型别,再用各型病毒的相关引物扩增VP1区全序并测序,按测序定型标准对EVs进行VP1区定型;(2)按文献下载基因库中CVA6病毒VP1区基因参考序列,用MEGA 5.2软件构建系统进化树,进行基因特征和分子流行病学分析。结果2020年共从曲靖地区HFMD病例500份标本中检测到49株EVs,EVs阳性率为9.80%(49/500)。49株EVs中,A组病毒(enterovirus species A,EV-A)48份,占阳性总数的97.96%(48/49),B组病毒(enterovirus species B,EV-B)1份,占2.04%(1/49)。A组病毒共4个血清型,其中CV-A43株,占6.12%(3/49);CV-A636株,占73.47%(36/49);CV-A105株,占10.20%(5/49);CV-A164株,占8.16%(4/49)。B组病毒只检测到1株,一个血清型(CV-B4)。用MEGA 5.2软件对36株CV-A6病毒的VP1基因完整序列(915bp)和Yang Song、Mizuta K等发表的26株参考株序列共62株病毒作基因进化分析,曲靖地区36株均为D3a亚型。结论2020年云南省曲靖地区HFMD流行以CV-A6(占73.47%)为主。基因进化分析表明,跟以往中国内地的情况一样,云南省曲靖地区2020年流行的CV-A6为D3a基因亚型,加强CV-A6病毒的实验室和分子流行病学监测是今后曲靖地区乃至云南省HFMD监测的重要工作。