2011～2013年杭州市手足口病病原谱流行特征及柯萨奇病毒A16型VP1区基因变异研究

摘要

目的 了解杭州市手足口病病原谱流行特征及柯萨奇病毒A16型(CA16)分离株的VP1基因变迁规律.方法 采集杭州市2011 ～2013年手足口病患者的2 197份临床标本,用通用引物进行肠道病毒实时荧光定量RT-PCR检测,对阳性标本进行分型,对部分CA16感染阳性重症患者标本测定VP1基因序列并进行同源性比对和系统进化树分析.结果 杭州地区肠道病毒通用型核酸检出率为56.0％(1 317/2 197),肠道病毒71(EV71)、CA16和其他肠道病毒的检出率分别为24.1％(530/2 197)、13.9％ (306/2 197)和22.8％ (501/2 197).在咽拭子和粪便标本中EV71检出率均最高,分别为23.9％(301/1 258)和23.6％(148/627),而在疱疹液标本中其他型肠道病毒检出率最高,为32.6％(76/233),脑脊液标本中无CA16检出.咽拭子标本和粪便标本在发病初期的检出率较高,发病后第5天和第6天后检出率低于发病初期检出率,而脑脊液和疱疹液不同病程阶段的检出率无统计学意义.9株CA16分离株VP1基因的核苷酸同源性为90.8％～99.7％,分属于B1b亚型和B1a亚型.结论 2011 ～2013年杭州地区手足口病患者主要病原体以EV71和CA16为主,样本类型和采样时间是影响肠道病毒检出率的重要原因.杭州地区CA16毒株VP1区基因的变异程度较低,需进一步加强开展手足口病的监测.