孕妇血浆DNA中内参基因拷贝数稳定性的评价

摘要

目的:探讨孕妇血浆和非孕妇血浆游离DNA中常用内参基因的拷贝数稳定性,为孕妇血浆游离DNA的定量研究提供参考.方法:选择孕龄为12周左右的健康孕妇及健康未孕女性各18名,取外周静脉血并提取血浆DNA,将DNA样本分为孕妇与非孕妇整体组、孕妇组、非孕妇组、母体与胎儿整体组、母源DNA组和胎源DNA组,选取β-珠蛋白(HBB)、端粒酶(TERT)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、白蛋白(ALB)、β-肌动蛋白(ACTB)和T细胞受体γ(TRG)为内参基因.采用实时荧光定量PCR (qPCR)法分析血浆DNA中内参基因Ct值,分别采用3款统计学软件geNorm、NormFinder和BestKeeper比较6种内参基因在各组样本中的拷贝数稳定性.结果:①qPCR法,6种内参基因的所有PCR产物均特异性扩增.各组内参基因Ct值比较差异均无统计学意义(P＞0.05).各组ACTB的Ct值最低,HBB次之,即血浆DNA中ACTB和HBB拷贝数最高.②按照geNorm软件计算结果基因稳定值(M)由高到低的顺序、NormFinder软件计算结果含量稳定性由高到低的顺序、BestKeeper软件计算结果相关系数(R)由高到低的顺序,在各组样本中将6种内参基因按照其拷贝数稳定性由高到低进行排序.综合分析3种软件的分析结果,在孕妇与非孕妇整体组、孕妇组、非孕妇组、母体与胎儿整体组、母源DNA组和胎源DNA组中,拷贝数稳定性最高的内参基因分别为TERT、ACTB、ALB、HBB、HBB及HBB.③母体与胎儿整体组、母源DNA组、母源DNA组和胎源DNA组内参基因的Ct值比较差异均有统计学意义(F=114.84,P＜0.05).结论:当采用qPCR法对来自于孕妇与非孕妇整体、孕妇、非孕妇、母体与胎儿整体、母源DNA和胎源DNA的血浆游离DNA进行定量分析时,推荐分别选择TERT、ACTB、ALB、HBB、HBB及HBB作为校正内参基因.