使用R分析单核苷酸多态性位点-环境交互作用对疾病影响的方法

摘要

目的:为研究单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点与环境因素的交互作介绍更高效方便的统计学分析方法.方法:使用R包"SNPassoc"函数内置数据集进行演示.使用"SNPassoc"对SNP位点进行模型筛选.建立Logistic回归模型和似然比检验分析SNP-环境交互作用的显著性.使用"epiR"计算超频相对危险度(relative excess risk of interaction,RERI)和协同指数(synergy index,S)等指标以相加模型定量分析交互作用.结果:使用似然比检验发现snp10008交互作用.RERI和S作为定量反映交互作用的指标.结论:使用R软件可以准确快速地分型SNP,进行交互作用指标分析,为流行病学家探讨基因-环境交互作用提供证据.