基于序列预测蛋白质和RNA的相互作用

摘要

从计算的角度出发,考虑到当前蛋白质和RNA相互作用数据的实际情况,基于蛋白质和RNA的序列成分信息,构建预测模型.通过来自PDB的3149个蛋白质-RNA相互作用对得到的氨基酸三联体-核苷酸的相互作用倾向性值,定义了一个权重倾向性度量,用来度量每一对蛋白质-RNA序列中三联体-核苷酸的相互作用倾向性.为了避免特征的冗余性,基于较高倾向性以及成分特征构建特征向量,用于预测蛋白质-RNA相互作用.计算结果显示文中预测模型(SVM模型)和算法的有效性.