共表达网络分析筛选肾透明细胞癌进展和预后相关基因

摘要

cqvip:目的挖掘肾透明细胞癌(ccRCC)进展和预后相关基因。方法通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)和蛋白相互作用(PPI)网络分析筛选与ccRCC进展和预后相关的枢纽基因。结果在加权共表达网络和PPI网络中均发现与ccRCC进展密切相关的3个常见基因(VWF、TEK和FLT1)。基于数据集GSE53757、RNA测序数据和人类蛋白质图谱数据库的分析发现,各枢纽基因在正常肾脏和ccRCC中其转录和翻译水平上的表达存在显著差异。在测试集GSE53757和RNA测序数据中,3个枢纽基因均与ccRCC进展呈负相关(P0.5,P<0.05)。此外,基于RNA测序数据的生存分析发现,这些基因可能是ccRCC的预后生物标志物。GO富集分析显示,枢纽模块基因在血管生成相关通路中显著富集。基因集富集分析显示,枢纽基因低表达组主要富集于与免疫相关的通路。结论3个枢纽基因(VWF、TEK和FLT1)参与ccRCC的进展和预后,其可能对ccRCC的临床诊断、治疗和预后具有重要意义。