基于线粒体基因组D-loop区全序列分析安义瓦灰鸡遗传多样性及其起源进化关系

摘要

本研究旨在探究江西安义瓦灰鸡(Gallus gallus domestiaus)的遗传多样性和起源.对30只安义瓦灰鸡线粒体基因组(mitochondrial genome,mtDNA) D-loop区全序列的进行PCR扩增和测序(GenBank 登录号:KP893677～KP893682),并结合GenBank中红色原鸡的D-loop区序列,分析安义瓦灰鸡线粒体多态性及其起源.结果发现,安义瓦灰鸡mtDNA D-loop区全长1 231～1 232bp,核苷酸多样性(Pi)为(0.006 13±0.000 14),单倍型多样性(Hd)为(0.837±0.027).在30只个体中,共发现18处单核苷酸多态位点,6种单倍型.系统发育分析发现,6种单倍型可以分为A、B、C3个分支,其中C为主要分支,有3种单倍型,A分支有1种倍型,B分支有2种倍型.A和B分支与红色原鸡滇南亚种(Gallus gallus spadiceus)聚为一类,C分支与4个原鸡亚种聚为一类.研究结果表明,安义瓦灰鸡mtDNA D-loop区有丰富的多态性,并且有多个母系起源,从分子水平上为安义瓦灰鸡的遗传资源保护和开发利用提供了参考.