猪细小病毒6型全基因组克隆及遗传进化分析

摘要

cqvip:对猪细小病毒6型(PPV6)安徽分离株PPV6 AH进行全基因组序列克隆,并进行遗传进化树构建及同源性分析。将病毒基因分10段进行PCR扩增并测序,用SeqMan进行拼接,获得全基因组序列。将PPV6 AH株与GenBank中PPV6其他毒株进行遗传进化分析。结果显示,PPV6 AH基因组全长6180 bp,与其他国内外15株PPV6全基因的核苷酸序列同源性达到97.1%~99.5%。基于PPV6全基因、NS1及Cap基因构建的遗传进化树显示PPV6 AH株与PPV6 BJ、BJ2、SC及JS株有着共同的进化起源。NS1基因第708、996、1932核苷酸位点发生突变;Cap基因在第1205、1211、1582、1614核苷酸位点发生突变;Cap蛋白氨基酸在第402和404位点发生突变。本研究首次报道PPV6在安徽省猪群中存在,该研究结果为安徽地区PPV6的分子遗传进化特征提供了一定的参考。