肿瘤突变负荷与免疫细胞浸润联合分析在胃癌预后评估中的临床意义

摘要

目的 研究肿瘤突变负荷(TMB)对胃癌(GC)患者预后的影响,并进一步探讨TMB与免疫细胞浸润的关系。方法 从TCGA数据库中下载GC患者体细胞基因突变数据、转录组数据及临床数据,使用R语言“maftools”软件包分析基因突变概况,并计算每个样本的TMB。将样本按TMB的高低分为两组,进行生存分析。使用“limma”包对高、低TMB两组的表达谱进行差异分析,利用R语言对差异基因进行GO及KEGG通路富集分析。基于ImmPort数据库筛选出差异免疫基因共97个。通过Cox回归分析,筛选出4个预后相关基因构建预后模型。通过TIMER数据库进一步评估GC突变基因和免疫细胞浸润之间的相关性。最后,使用Cox回归模型与生存分析评估免疫细胞的预后价值。结果 通过TCGA数据库共筛选出胃癌样本375例,正常样本32例。其中375例样本中C>T单核苷酸突变发生次数最多,GC中突变率最高的三个基因是TTN、TP53和MUC16;使用Kaplan-Meier法进行生存分析,发现高TMB值与更好的生存结果相关;筛选出816个差异表达基因进行基因通路富集分析,发现这些基因主要在肌肉系统的形成与含胶原蛋白的细胞外基质和神经活性配体-受体相互作用的通路上明显富集;单变量Cox回归分析鉴定了12个与预后相关的基因,多因素Cox回归分析筛选出APOD、FGF7、AMHR2、NPR3这4个基因来构建预后模型,结果表明高风险组的患者生存率更差。不同的TMB水平表现出不同的免疫浸润模式,高TMB组中CD8~+T细胞、CD4~+T细胞和Tfh细胞的丰度明显高于低TMB组;通过Cox回归分析结果显示,高巨噬细胞浸润与GC患者较差的生存结果相关。结论 较高的TMB与胃癌患者更好的生存预后相关;高巨噬细胞浸润预示胃癌患者预后较差。