1株抑MRSA植物乳植杆菌CHEN1的全基因组测序及产细菌素基因分析

摘要

为了深入挖掘对耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(methicillin-resistant Staphylococcus aureus,MRSA)具有显著抑制作用的植物乳植杆菌CHEN1细菌素基因簇,使用PacBio RS和Illumina测序平台对植物乳植杆菌CHEN1进行全基因组测序,通过antiSMASH软件和BAGEL4数据库预测细菌素基因簇并挖掘潜在的作用机制。全基因组测序结果表明,植物乳植杆菌CHEN1基因组大小为3330435 bp,GC含量为44.34%,包含1个染色体序列和8个质粒;含有3196个蛋白编码基因,结合基因本体论、京都基因与基因组百科全书和蛋白相邻类的聚簇数据库分别注释到基因704、2317、2775个。基因组测序数据提交至NCBI获得GenBank登陆号为PRJNA1014938。采用antiSMASH软件和BAGEL4数据库预测到3个与细菌素相关的基因簇,分别为T3PKS、RiPPs和IIb类细菌素,满足细菌素表达的先决条件。该研究可为植物乳植杆菌CHEN1及抑制MRSA细菌素的开发与应用提供生物信息基础。