基于传统分离培养和宏基因组测序分析不同产地小龙虾菌群的多样性

摘要

采用传统培养和宏基因组测序法研究浦口、太湖东山两产地小龙虾整体、表面、尾肉3个部位的初始菌群,解析其携带污染菌的差异。结果表明:浦口、太湖东山小龙虾的整体初始菌落总数差异不显著,分别为7.78 lg(CFU/g)和7.76 lg(CFU/g),而在选择性培养基上菌落数有明显差异,经16S rRNA序列鉴定,浦口小龙虾整体样品的优势菌为柠檬酸杆菌和气单胞菌,蜂房哈夫尼菌是太湖东山小龙虾整体样品的优势菌。在科水平上,宏基因组测序发现肠杆菌科肠杆菌是两产地小龙虾整体样品的优势菌;在属水平上,浦口小龙虾整体样品中的主要菌属为微小杆菌属和气单胞菌属,而太湖东山小龙虾整体样品的主要菌属为黄杆菌属、气单胞菌属和希瓦氏菌属。两产地小龙虾不同部位初始菌群的分析结果反映小龙虾潜在食品安全风险,并且不同产地的小龙虾污染菌群不同,为今后小龙虾保鲜、运输研究提供参考依据。