棉花茎端发育长链非编码RNA的鉴定及功能预测

摘要

长链非编码RNA (Long non-coding RNA,lncRNA)是一类长度在200 nt以上的非编码RNA.它不具备蛋白质编码功能,但在生物体中以RNA分子的形式参与众多生物过程.利用实验室前期获得的陆地棉茎尖转录组数据,鉴定了8044条lncRNA,其中3691条分布于At亚组,2852条分布于Dt亚组;通过基因组共定位、碱基互补配对等生物信息学方法对其中2227条lncRNA进行功能注释,其中1875条位于编码基因上下游,可能通过与编码基因的顺式作用元件或3' UTR区结合,在转录或者转录后水平调控基因表达;317条反义lncR-NA与正义链的mRNA存在互作,通过碱基互补配对调控基因沉默、转录及mRNA的稳定性;20条lncRNA 预测为microRNA的前体;5条lncRNA注释到4个lncRNA家族.功能注释表明,这些lncRNA主要参与转录调节、代谢、激素应答和信号转导等生物过程.本研究为充分利用高通量测序数据研究棉花lncRNA提供了新思路.