人支气管上皮HBE细胞中p53相关的放射诱导表达长链非编码RNA的鉴定和生物功能预测分析

摘要

cqvip:目的鉴定人支气管上皮HBE细胞中p53相关的γ射线诱导表达的长链非编码RNA(lncRNA)分子,为研究与p53关联的lncRNA分子在放射损伤反应如上皮间充质转化中的作用机制提供信息。方法使用CRISPR-Cas9基因编辑技术构建p53敲除的人支气管上皮细胞(HBEp53-/-),Western印迹法检测P53表达水平,lncRNA芯片杂交分析lncRNA表达谱的改变,实时定量RT-PCR分析验证部分lncRNA分子的表达变化,生物信息学技术分析差异变化lncRNA的生物学功能。结果与野生型HBE细胞相比,HBEp53-/-细胞在照射后有239条lncRNA出现上调表达,287条出现下调表达。上调和下调表达前5位lnc RNA的差异表达变化经PCR得到验证。生物信息学GO分析表明,前10位差异表达的lncRNA的靶基因主要涉及β3肾上腺素受体结合蛋白、酪氨酸激酶活性蛋白、DNA结合蛋白、锌离子跨膜转运体蛋白、突触融合蛋白结合蛋白和泛素结合蛋白等分子功能。KEGG分析表明,差异表达lnc RNA的靶基因功能的生物体系统主要涉及感知、神经、免疫、内分泌、环境适应、发育和循环系统等。结论鉴定了人支气管上皮HBE细胞中与p53相关的放射诱导lncRNA分子;经生物信息学预测,发现这些lncRNA分子在细胞照射应答过程中,涉及多种生理功能,参与多个功能信号通路。