猪繁殖与呼吸综合征病毒CH-la株非结构基因的分子克隆及其基因特征的研究

摘要

对猪繁殖与呼吸综合征病毒的非结构基因(ORFl)和非编码区分别进行了克隆和测序,并对其基因特征作了分析.结果表明,CH-la株ORFl全长11882nt,其中ORFla长7512nt、ORFlb长4374nt.它们与VR2332株的核苷酸同源性分别为89%、92%;与LV株的核苷酸同源性分别为54%、63.3%.ORFl编码两个聚合蛋白,其中ORFla编码的聚合蛋白经裂解后产生6个成熟的非结构蛋白(Nsplα、Nsplβ、Nsp2-5),以Nsp2的变异性最为显著,它与LV株的氨基酸同源性为41%.ORFlb编码的聚合蛋白经裂解后,产生4个成熟的非结构蛋白(RdRp CP24),其中RdRp为病毒的复制酶,CP4表现出较大的变异性,与LV株的氨基酸同源性为48%.在ORFla-ORFlb的衔接区有保守的庚核苷酸滑动序列和拟节结构,它们是核糖体移码翻译所必需的结构.在基因组末端存在非编码区,其中5'NCR长190nt,比LV株5'NCR短31nt,其核苷酸同源性为61%.3'NCR长151nt,比LV株3'NCR长37nt,保守性稍高,其与VR2332株和LV株的核苷酸同源性分别为95.4%和78.2%.在3'NCR末端有一个poly(A)尾巴,长20nt.在Poly(A)尾上游有保守的八核苷酸序列,是复制酶识别并结合的区域.本研究进一步证实CH-1a株在基因型上属于北美洲型.