用等位基因特异性PCR/限制性片段长度多态性策略构建原发性青光眼致病基因CYP1B1的单倍型

摘要

目的 建立等位基因特异性PCR/限制性片段长度多态性(allele-specific PCR/restriction fragment length polymorphism,AS-PCR/RFLP)法检测原发性先天性青光眼(primary congenital glaucoma,PCG)致病基因CYP1B1常见单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)及其单倍型的方法.方法 收集20例原发性先天性青光眼患者和20名正常对照为研究对象,首先经测序筛查SNP位点后,再分别以PCR-RFLP和AS-PCR/RFLP策略构建CYP1B1基因rs10012(S1)和rs1056827(S2)及rs1056836(S3)和rs1056837(S4)位点的单倍型,并对这两种策略进行评价.结果 测序共发现4个SNP位点,为第2外显子rs10012 G/C(S1)及rs1056827 T/G (S2)、第3外显子rs1056836C/G(S3)及rs1056837T/C(S4).这些位点在PCG患者和正常对照中的分布呈现不同特点,同时存在rs10012 (S1)和rs1056827(S2)位点的PCG患者和正常对照分别为10例(50％)和5人(25％);同时存在rs1056836 (S3)和rs1056837(S4)位点的PCG患者和正常对照分别为5例(25％)和2人(10％);均未发现上述SNP位点单独存在.确定各位点的分布特点后,首先用PCR-RFLP策略构建rs10012(S1)和rs1056827(S2)位点单倍型,显示杂合突变型除出现目的条带外还存在底物条带,虽提示同时存在rs10012(S1)和rs1056827 (S2),但仍不能证实存在位点间的连锁;AS-PCR/RFLP构建的结果显示,AS-PCR扩增rs10012(S1)位点获得阳性结果的同时,针对rs1056827 (S2)位点的特异性RFLP分析也获得阳性结果.AS-PCR/RFLP对位点rs1056836(S3)和rs1056837 (S4)的分析获得了类似的结果.应用AS-PCR/RFLP成功构建了C-G[rs10012(S1)-rs1056827(S2)]和G-C[rs1056836 (S3)-rs1056837 (S4)]两种单倍型.结论 应用AS-PCR/RFLP策略成功构建PCG致病基因CYP1B1单倍型,该方法准确高效特异可用于构建遗传性疾病基因的单倍型.