2a型丙型肝炎病毒5′非编码区的RACE扩增及二级结构的分析

摘要

目的获得真全长中国大陆2a型丙型肝炎病毒(HCV)5′非编码区 (5′UTR)cDNA,并分析其一级结构和二级结构,为进一步研究其在HCV复制、翻译中的调控机制、开发新的抗HCV药物奠定基础.方法利用逆转录套式聚合酶链反应(RT-PCR)联合限制性内切酶长度多态性分析(RFLP)初步筛选出1例2a型HCV感染者,采用cDNA 末端快速扩增技术(RACE)扩增出一条约800 bp的cDNA片段,A-T克隆,用RFLP与PCR鉴定重组子,全自动序列分析仪测定插入子序列,RNAdraw预测二级结构.结果 RACE法获得真全长2a型HCV 5′端序列.5个克隆中,3个克隆含全长5′UTR序列,与HCV-1,HC-C2,HC-J6,HC-J8相比,同源性分别为93.6%～94.4%, 92.1%～93.0%, 98.8%～99.7%,96.2%～96.5%,与2a型标准株HC-J6相比,21,170,222,247,339位不同,分别为G,A,C,C,T,但这些突变不影响其二级结构.另外2个克隆为5′端缺失突变株,分别缺失54 bp和144 bp.结论 RACE技术快速、有效、实用,可有效获得病毒基因组的末端序列;依此获得中国大陆2a型HCV的5′UTR cDNA;在感染者血液中存在5′端部分缺失的HCV基因片段.