肠道病毒71型中国分离株基因组3区的分析

摘要

目的测定我国分离的肠道病毒71型(EV71)SHZH98株3C基因的核苷酸序列,进行遗传进化途径的分析.方法用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法扩增我国分离的EV71-SHZH98株3C基因cDNA,测定PCR产物的核苷酸序列.结果 SHZH98株3C基因为549 bp,和已发表的肠道病毒71型3C基因序列比较,SHZH98株与MS株同源性为78.7%,与BrCr株的同源性为76.7%,与台湾分离株POLY、NCKU、TW2086、TW2272株的同源性分别为74.0%、73.8%、71.9%、69.8%.由其核苷酸序列推导的氨基酸序列同源性比较显示与MS的同源性为93.45%,与BrCr、POLY、NCKU、TW2086、TW2272株的同源性分别为89.1%、90.7%、90.2%、84.2%、82.5%.遗传进化分析显示SHZH98株3C片段在亲缘关系上与Coxsackievirus A16 G-10株及欧美分离株MS、BrCr株较密切,而与台湾分离株相差较远.结论推测EV71病毒中国分离株非结构蛋白的进化途径可能与台湾流行株不同.