应用RNA-seq技术检测肺癌与癌旁组织差异表达基因分析

摘要

目的 应用RNA-Seq技术分析肺癌与癌旁组织的差异基因表达,寻找与肺癌发病相关的基因,探讨肺癌的发病机制.方法 对5例ⅡA期肺癌及癌旁组织进行转录组测序,获得差异表达基因集,采用qRT-PCR法检测10例肺癌(对照组)及癌旁组织中的6个关键基因(TFPI2、DKK1、CX3CL1、PSCA、DUOXA2、VSIG1)进行验证.结果 ⅡA期肺癌与癌旁组织共有123个差异表达基因,其中上调基因35个(28.5％),下调基因88个(71.5％).qRT-PCR结果表明,与细胞增殖、凋亡和黏附相关基因TFPI2、DKK1、CX3CL1表达上调,PSCA、DUOXA2、VSIG1表达下调,该检测与RNA-Seq检测结果一致.结论 ⅡA期肺癌与癌旁组织中共有123个差异表达基因,细胞增殖、凋亡、黏附和代谢相关基因参与肺癌的发生、发展,为肺癌的发病机制提供参考.