中国家鸡和红色原鸡mtDNA控制区遗传多态性及系统进化分析

摘要

通过线粒体DNA控制区的结构和多态性来研究中国家鸡和红色原鸡的遗传多态性与系统进化.测定14个中国地方鸡种和红色原鸡2个亚种的256个个体线粒体DNA控制区部分序列约560 bp,结果表明,A、C、G、T这4种核苷酸的平均比例分别为25.00%、37.40%、4.40%和33.20%.共发现44个变异位点,约占分析位点总数的7.86%,没有观测到插入/缺失,颠换和转换之比为 0.13;共具有32种单倍型,9种为共享单倍型;16个群体内单倍型多样度从0到0.964,单倍型变异度总体为0.909±0.014,整体的平均核苷酸差异数为7.276,核苷酸多样度为1.851%.群体间核苷酸分歧度 (Dxy) 在0.747%～3.125%之间变化,核苷酸净遗传距离 (Da)为0.015%～2.633%.16个群体表现出较高水平的遗传多态性,群体间表现出显著的遗传分化.群体遗传多态性和亲缘关系分析表明,一些中国家鸡的群体(如固始鸡和仙居鸡)起源于泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种,一些中国家鸡的群体(如茶花鸡和藏鸡等)起源于中国红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种,在一些中国地方鸡种还同时具有这2种红色原鸡的遗传贡献;认为中国家鸡起源于泰国或单纯起源于中国的观点都是不全面的.