猪牛基因组中长散布元件研究

摘要

本研究旨在探索L1(Long Interspersed Nucleotide Element 1)和RTE(Retrotransposable Element)在牛和猪基因组中的分布、起源及传递方式和相互间作用.使用软件RepeatMasker和Censor探测了牛和猪基因组中L1和RTE的含量及在各条染色体上的分布.结果,L1在牛和猪基因组中的平均含量分别为7.89%和10.64%,平均长度分别为529和608 bp;RTE在牛基因组中的平均含量为11.83%,平均长度为433 bp.猪基因组未发现RTE序列.牛和猪基因组中的L1共有序列各自分为6个家族和14个亚族.牛和猪基因组中的L1含量均随着染色体GC含量的升高而降低,牛基因组中的RTE含量也呈此变化趋势.牛基因组中RTE序列不是从祖先物种纵向传递而来,而是通过横向传递来源于其它未知物种.牛和猪的L1内部、牛RTE内部以及牛基因组中L1和RTE之间存在选择性进化现象.