G蛋白偶联受体34同源建模及其与lysoPS类似物对接研究

摘要

G蛋白偶联受体34(GPR34)在肥大细胞、肿瘤组织和人体免疫器官中高度选择性表达,但因属于膜蛋白,其三维结构难以测定,不能从分子水平上分析其与药物作用情况。本文选用PDB数据库中与GPR34一级序列同源性最高的4NTJ为模版蛋白进行同源建模,运用拉氏图和Profile-3D进行评估,通过加膜限制和loop区能量优化等方法最终得到合理并且可信度高的3D结构模型。最优模型Verify Score为124.97(期望Verify Score值区间为69.071 1~153.491),预测分析得到14个可能的活性位点。通过最陡下降法和共轭梯度法构建GPR34激动剂分子的最低能量结构,将激动剂分子与预测的蛋白3D结构模型上的活性位点进行分子模拟对接,根据对接模型比较不同激动剂分子与不同蛋白活性位点的相互作用。实验结果对设计GPR34激动剂分子和进一步研究GPR34的结构和功能具有理论指导意义。