贝类雌激素受体的同源建模与分子对接研究

摘要

采用多模板同源建模方法构建了斑马鱼(Danio rerio)、长牡蛎(Crassostrea gigas)和菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)雌激素受体配体结合区(ER-LBD)的三维结构模型,并开展了与苯并芘(B[a]P)、四溴双酚A(TBBPA)和对壬基酚(4-NP)的分子对接研究.采用PROCHECK、ERRAT和Verify3D软件对同源模型质量进行了综合评估.研究表明:三个模型具有良好的高分辨率结构(>95％),且被合理折叠和建构.分子对接模拟发现,在激活构象中上述配体分子位于两种贝类与鱼类ER的活性配体空腔中,配体结合能的稳定性顺序为B[a]P>TBBPA>4-NP.对接分析表明,与配体结合的三个模型配体口袋的氨基酸残基高度保守,其中在活性位点处结合的主要氨基酸残基为斑马鱼Glu321、Arg362,长牡蛎Glu290、Arg331和菲律宾蛤仔Glu242、Arg283.研究结果表明,通过探究氨基酸残基所构成的空腔和配体形成的静电相互作用网络,能够确定内分泌干扰物(EDCs)对ER的优选程度,为EDCs对贝类内分泌干扰效应研究提供了理论依据和技术支撑.