二芳基乙烯衍生物与DNA结合的分子动力学研究

摘要

基于分子动力学方法,对2种旋转异构的二芳基乙烯(DTE,dithienylethene)衍生物(DTE1和DTE2)与不同分子结构DNA结合过程的热力学与动力学特征进行模拟,结果发现,DTE1,DTE2与DNA分子采用小凹槽结合(MiGB)的模式结合时所需能量最低,存在的分子间库仑能与范德华相互作用能最小,说明该结合模式最稳定;由于空间位阻作用,互为旋转异构体的2个DTE衍生物与DNA作用表现出截然不同的结合行为,DNA对DTE衍生物具有明显的对映异构体选择性;DTE衍生物与DNA分子作用位点的选择性直接与构成位点的碱基对相关.