鹅圆环病毒浙江永康株全基因组的克隆及序列分析

摘要

为研究水禽流感大规模爆发的机理,进行了水禽流感病例中并发病原,特别是免疫抑制性病原的检测研究.根据已发表的鹅圆环病毒(Goose circovirus, GoCV)序列,设计了一对检测引物,对浙江永康禽流感病死鹅样品进行PCR扩增,获得与预期552bp大小相符的DNA片段,经测序确认为GoCV特异序列,推测样品中存在GoCV.根据测定的序列进一步设计反向扩增引物,经扩增、测序、拼接后获得GoCV全长基因组序列.基因组序列分析表明,浙江永康株GoCV-yk01全长1821bp,具有圆环病毒共同的与病毒复制相关的茎环结构和Rep蛋白保守基序等特征,它与德国、中国台湾发表的序列在全基因组水平有91%～93%的同源性,在Rep和外壳蛋白的氨基酸水平有94%～97%的同源性.应用ClustalW方法作进化树分析显示,GoCV-yk01序列与德国株及中国台湾株均不在同一分支.圆环病毒可以感染淋巴细胞等增殖快的细胞,引起免疫抑制,从而造成其他病原的并发和继发感染,怀疑GoCV可能在2004年初永康爆发的鹅流感中起到了一定的协同作用.该GoCV-yk01是中国内地首次检测确认并测定全基因组序列的鹅圆环病毒.