基于异源cDNA基因芯片杂交的鳜鱼肌肉组织基因表达谱初步分析

摘要

cDNA基因芯片技术已广泛应用于生物物种间功能基因组和表达谱学研究.然而,鱼类基因芯片开发和应用相对落后.为了筛选与肉质性状相关功能基因,本研究首次试用异源斑马鱼基因cDNA芯片,对两种肉质性状明显差异的鳜鱼和鲢鱼肌肉组织中基因表达进行了比较分析.从两种鱼肌肉组织中提取总RNA,经Biotin荧光标记与拥有15617个cDNA片段的斑马鱼基因芯片(Affymetrix)杂交后,检测出375个表达基因.与鲢鱼比较,鳜鱼肌肉组织锁定的基因中有180个上调表达基因和195个下调表达基因.在鳜鱼肌肉组织180个上调基因中,49个为已知功能基因,131个为未知功能基因.根据基因文库同源功能基因分析,我们将49个已知上调基因按功能大约分为七大类,其中与肌肉结构相关基因包括肌球蛋白重链基因(MYH)、肌纤维间连接基因和细胞骨架结构基因等.同时,我们对与肉质结构性状密切相关的功能基因进行了分析,并结合与鳜鱼优良肉质结构和功能基因表达关系进行了讨论.