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摘要
符号说明
第一章 绪论
1．1 计算机辅助药物设计简介
1．2 生物体系与分子动力学
1．3 抗菌肽Pis-1及其突变体研究进展
1．3．1 抗菌肽研究进展
1．3．2 抗菌肽Piscidin1研究进展
1．4 TTR及其抑制剂研究进展
1．5 论文的主要研究内容
第二章 计算理论及方法
2．1 分子动力学模拟
2．1．1 分子动力学简介
2．1．2 分子力场简介
2．1．3 主要计算方法
2．2 定量构效关系
2．2．1 定量构效关系简介
2．2．2 常用的3D-QSAR分析方法
2．3 药效团模型与数据库搜索
2．4 分子对接
2．4．1 分子对接简介
2．4．2 分子对接软件简介
第三章 抗菌肽Pis-1及其突变体的动力学模拟
3．1 本课题的研究意义
3．2 研究涉及的主要软件
3．2．1 AMBER软件包简介
3．2．2 Python语言简介
3．3 动力学模拟方案
3．3．1 “抗茵肽-膜’’模型的建立与模拟
3．3．2 “抗菌肽-水”模型的建立与模拟
3．3．3 模拟结果的分析方法
3．4 MD模拟的结果与讨论
3．4．1 Pis-1及其突变体的结构分析
3．4．2 Piscidin1及其突变体的RMSD分析
3．4．3 自然接触分数分析
3．4．4 模拟过程中二级结构的变化
3．4．5 分子内氢键的分布
3．4．6 与实验结果相比较
3．5 本章小结
第四章 TTR抑制剂的理论研究
4．1 本课题的研究意义
4．2 研究涉及的主要软件
4．2．1 Gaussian软件包简介
4．2．2 SYBYL软件包简介
4．3 ABX系列抑制剂的3D-QSAR研究
4．3．1 3D-QSAR研究方案
4．3．2 结果与讨论
4．4 ABX系列抑制剂分子的药效团模研究
4．4．1 药效团模型研究方案
4．4．2 结果与讨论
4．5 ABX系列抑制剂分子的对接研究
4．5．1 分子对接研究方案
4．5．2 结果与讨论
4．6 抑制剂分子连接区域的研究
4．7 数据库搜索与筛选
4．8 本章小结
第五章 结论
5．1 取得的成果
5．2 研究的创新之处
5．3 今后研究的展望
参考文献
附录
致谢
研究成果及发表的学术论文
作者简介
硕士研究生学位论文答辩委员会决议书
