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第一章 绪论
1.1课题研究背景及意义
1.2国内外研究现状
1.3本文主要工作
第二章 粗粒度分子动力学模拟方法基础
2.1分子动力学模拟技术
2.2粗粒化模拟技术
2.3 MD模拟研究常用软件
2.4本章小结
第三章 粗粒度脂质双层膜的分子动力学建模
3.1粗粒度脂质双层膜模型
3.2模型单位选择
3.3使用PACKMOL工具建立粗粒子坐标文件
3.4模型参数设置
3.5仿真系统脚本文件的生成
3.6本章小结
第四章 粗粒度脂质双层膜分子动力学模拟与电穿孔分析
4.1分子动力学计算
4.2径向分布曲线函数分析
4.3脂质双层膜的各系综MD模拟
4.4脂质双层膜电穿孔的MD模拟
4.5本章小结
第五章 总结与展望
5.1本文的不足与未来工作展望
参考文献
致谢
作者简介
附录
附录1 Martini水分子坐标程序
附录2 脂质单分子坐标程序
附录3 水分子坐标程序
附录4 脂质单分子坐标程序
附录5 PACKMOL指令脚本程序
附录6 DPD力场下脂质坐标程序
附录7 Martini水分子属性参数程序
附录8 DPPC脂质属性参数程序
附录9 DPPC体系坐标程序
附录10 DPD水分子属性参数程序
附录11 DOPC属性参数程序
附录12 DOPC体系坐标程序
附录13系统最小化仿真程序
附录14自组装模拟仿真程序
附录15 npt系综模拟程序
附录16 nve系综模拟程序
