SNP全基因组芯片检测在骨髓增生异常综合症诊治中的价值

摘要

研究目的：
　　1.利用 SNP全基因组芯片（ SNP-array）对骨髓增生异常综合症（myelodysplastic syndromes,MDS）患者进行全基因组范围DNA拷贝数的变异(Copy number variation, CNV)和单亲二倍体（uniparental disomy,UPD）的检测，发现MDS患者的CNV及UPD的特点及这些异常所属的染色体部位，明确基因芯片检测到的异常与 MDS临床之间的关系，并将其与再生障碍性贫血(aplastic anemia，AA)、免疫相关性血细胞减少（immunorelated pancgtopenia,IRP）及急性髓细胞白血病（Acute myeloid leukemia，AML）进行对比，进一步明确基因芯片检测在MDS患者诊断方面的特异性以及敏感性，从而提升MDS的诊断水平。
　　2.对于 SNP全基因组芯片检测存在异常的 MDS患者，进一步追踪观察其治疗效果，并与芯片检测正常的患者进行比较，证明利用 SNP全基因组芯片检测染色体的异常在MDS患者预后当中的应用价值。
　　研究方法:
　　1.采集2013年4月至2016年3月于天津市第一中心医院的血液科进行就诊的128例患者的骨髓，其中MDS患者58例，依修订的国际预后积分系统对患者进行分组[1]，分为高危组患者29例，低危组患者29例；急性髓细胞白血病（AML）43例；再生障碍性贫血（AA）13例；免疫相关性血细胞减少(IRP)14例。收集所有患者全基因组DNA，应用Affymetrix公司的Cytoscan750K SNP芯片进行检测。
　　2.Cytoscan750K芯片的检测结果使用GCS3000DXV系统进行分析，得到患者的全基因组DNA拷贝数的异常，包括扩增（gain）和缺失（deletion），同时检测UPD。
　　3.总结MDS患者染色体CNV及UPD的特点，并与AA、IRP及AML患者的异常进行对比，同时将芯片检测存在异常的患者与正常患者进行比较，观察其在治疗转归及预后方面有无差异。
　　研究结果：
　　1、AA及IRP组SNP全基因组芯片检测显示染色体无异常改变，而低危组MDS、高危组MDS异常检出率分别为45％、52%，AML的异常检出率最高，结果为56%，但三者进行比较无统计学差异。
　　2、在58例MDS患者的检测结果中，拷贝数扩增最多，共有102处，其次是UPD共有95处，而缺失有76处，分组比较的结果显示：在低危组和高危组两组患者中，扩增和缺失的发生率无统计学差异，而 UPD的异常在高危 MDS患者更常见（P<0.05）。
　　3、MDS患者染色体异常的分布情况显示，扩增常见于1、8、14号，缺失常见于5、7、17、18号染色体，而UPD的分布不具有重现性。同时检测到具有重现性异常的意义不明的CNV：扩增常见于17号，缺失常见于2、6、7、19号染色体，UPD常见于2、3、11、14、19及X染色体，特别是在X染色体上见有大量意义不明的UPD分布。
　　4、在58例MDS患者中， SNP全基因组芯片与常规的G显带染色体核型检测相比较能够提供更多更全面的遗传学信息。在 MDS患者中应用常规显带技术进行染色体核型分析，低危和高危患者检出核型异常的比例分别为17%和21%，与SNP全基因组芯片相结合，异常检出率分别提高至45%和52%。SNP芯片与核型分析相结合，58例患者中有28例（48%）检测到异常，而单纯应用核型分析仅有11例（19%）患者检测异常，二者比较差异有统计学意义（P<0.01）。而AML组患者亦是如此（P<0.01）。
　　5、在28例常规染色体核型分析正常的患者中，有6例患者应用SNP基因芯片检出有意义的染色体异常，均为接受标准治疗方案进行治疗，此6例患者的治疗效果均不佳。
　　研究结论：
　　1、Cytoscan750K SNP芯片可以用于检测MDS患者分子遗传学的异常，用于在全基因组范围内检测染色体的扩增、缺失及UPD，为MDS详细精准诊断提供帮助。
　　2、不同预后分组的MDS患者SNP全基因组芯片阳性率有差异、治疗转归不同，提示SNP芯片的扫描结果可以指导MDS的治疗及预后。
　　3、发现意义不明的CNV及UPD，此位点可能含有尚未被发现的基因突变或癌基因，从而为以后的进一步深入研究提供了新的线索。

目录

封面

声明

中文摘要

英文摘要

目录

缩略语

前言

研究背景

研究目的、方法

1 研究对象、方法

1.1 标本的收集

1.2 试剂和设备

1.3 操作步骤

1.4统计学分析

2 研究结果

2.1 不同病种SNP芯片阳性率的分布

2.2 SNP全基因组芯片检测MDS患者染色体CNV及UPD的数量分布

2.3 SNP全基因组芯片与普通染色体核型比较额外异常的检出率

2.4 SNP全基因组芯片检测MDS患者的染色体异常的分布情况

2.5 28例核型正常的MDS患者的SNP全基因组芯片结果及治疗转归

3 讨论

结论

参考文献

发表论文和参加科研情况说明

综述:全基因组芯片检测在恶性血液病诊治中的应用

致谢

个人简历