糠秕马拉色菌菌丝态和酵母态基因表达差异的研究

摘要

背景：近年来，马拉色菌越来越引起真菌学家和临床医学家的关注，它是一类可引起多种皮肤病的嗜脂性真菌，马拉色菌除可引起花斑糠疹、马拉色菌毛囊炎外尚可引起头皮糠疹、甲真菌病、龟头包皮炎、真菌血症、皮肤脓肿等。与诱发脂溢性皮炎、特应性皮炎、头皮糠疹的免疫机制密切相关，可能与融合性网状乳头瘤病相关，并与银屑病的发病和加重相关，在严重免疫缺陷及静脉营养患者尚可引起系统性感染。但马拉色菌致病分子机制至今尚未阐明，相关基因表达比较研究亦尚未见报道。 马拉色菌最常导致的疾病为花斑糠疹，在花斑糠疹患者皮损刮取鳞屑直接镜检查见的马拉色菌大多呈菌丝态，而在健康人皮肤上则基本以酵母态形式存在，这种菌形不同的原因目前还不清楚，推测可能与局部环境(温度、湿度、皮脂成分)不同有关。故糠秕马拉色菌在机体内外因素的作用下由酵母态转化成菌丝态很可能是临床致病的关键所在。在已公认的马拉色菌7个种中，糠秕马拉色菌较为常见，其菌丝态在试管内已被成功地诱导出，它也是目前唯一的一种可在体外培养出菌丝态的马拉色菌。通过比较糠秕马拉色菌酵母态和菌丝态的差异将对了解马拉而随着微生物基因组序列的大量测定，通过比较基因表达差异分析致病微生物的分子致病机制已成为新近微生物基因组研究的热点。近年发展起来的抑制消减杂交技术为比较同源生物的基因表达差异提供了一条新的途径。 目的：本研究试图应用抑制消减杂交技术比较糠秕马拉色菌的菌丝态和酵母态之间mRNA差异以分析糠秕马拉色菌的菌丝态和酵母态的基因表达差异，建立糠秕马拉色菌菌丝态和酵母态细胞的差异表达cDNA文库，获得其差异表达的基因片段，以了解其酵母态转化为菌丝态的相关分子机理，为进一步深入研究糠秕马拉色菌的致病机制奠定基础。 方法：首先将糠秕马拉色菌(M.furfur CBS 1878)标准株分别接种于菌丝态和酵母态液体培养基，3天后分别提取糠秕马拉色菌菌丝态和酵母态细胞的总RNA，从中分离出mRNA，经逆转录生成菌丝态和酵母态细胞双链cDNA，经RsaⅠ酶切消化后，运用抑制消减杂交技术进行杂交，相同的片断将被消减掉，经过2次抑制性PCR扩增消减后片断，获得菌丝态或酵母态细胞差异表达的cDNA片段并建立差异文库。然后对差异cDNA片段进行克隆及斑点杂交鉴定，最后对阳性克隆进行测序、在GenBank上进行相似性对比和利用DNA序列分析软件进行序列分析。 结果： 1．成功培养出糠秕马拉色菌菌丝态。 2．获得糠秕马拉色菌菌丝态和酵母态细胞的总RNA，并分离出其mRNA。 3．建立了菌丝态及酵母态细胞差异表达的cDNA文库。 4．经菌落PeR和斑点杂交鉴定差异文库，实际共得菌丝态阳性克隆22个，酵母态阳性克隆8个。 5．将上述30个鉴定阳性克隆和4个正向消减杂交可疑阳性克隆测序，发现重复克隆11个，2个为载体序列，实际得有意义菌丝态特有片断15个，酵母态特有片断6个，用BLAST程序在GenBank中检索这些基因片段序列的同源性，所有检索到与其他物种蛋白或序列有一定相似度的克隆可分为以下几类： ①生化代谢类：A4与ATP合酶、A16与NADH脱氢酶Ⅰ、A23与细胞色素C氧化酶亚单位Ⅲ、A38与线粒体序列、A49与NADH脱氢酶Ⅱ等有一定同源度。B4与线粒体肌酸激酶有一定相似性，B7与ATP合酶的β亚基同源(A4与ATP合酶α亚基同源)，B9则与原海豹霉属的细胞色素b同源。 ②与转录有关：A8与剪接因子2或DNA结合蛋白相似，A13与可抑制白介素2表达的转录因子8及锌指蛋白具有高度同源，A14与核转录因子Y高度同源，与磷酸酯酶也具有一定同源性；A40与转录变体ACTN2高度同源。 ③与生长相关：A10与牛生长因子受体α多肽序列同源，但BLASTx未找到同源蛋白。 ④细胞结构类：A12与细胞壁相关水解酶及脂蛋白具有一定同源性，A22与大肠杆菌嗜菌体衣壳蛋白有一定同源性，与米曲霉的基因组序列部分相同。 ⑤其他类：A15与肌联蛋白、A21与耻垢分支杆菌假设蛋白、A56与念珠棘虫属赤霉GTP结合蛋白有很高的相似度，B3与苏芸金芽胞杆菌质粒小部分序列相似，B10则有30％序列和玉蜀黍黑粉菌、绿藻门小部分序列具有相似性，B12与构巢曲霉的40S核糖体S7蛋白具有一定相似度。 6．获得的这些序列经过0miga 2.0等核酸序列分析软件进行正相3个和负相3个共6个相位的ORF搜索，发现所得序列均具有起始密码子和终止密码子，即为可能的开放阅读框(open reading framework，ORF)，翻译后的6相位的氨基酸序列均含有大量真菌蛋白质二级结构基序，表明所获得的片断均为编码蛋白质的基因片断。 结论：采用消减杂交技术成功建立了糠秕马拉色菌的差异cDNA文库，筛选出一系列可能包含毒力相关基因的糠秕马拉色菌菌丝态和酵母态特有片段，片段部分同源则可能提示这21个片段与同源蛋白有某种功能或进化联系，分别与生化代谢酶、转录因子、生长因子、细胞结构或相关膜蛋白相似，提示这些基因片段可能与糠秕马拉色菌菌丝态和酵母态的代谢、分化、毒力或分子进化有关。这些结果对了解糠秕马拉色菌致病的分子机制提供了重要信息。

目录

文摘

英文文摘

论文说明：英文缩略语一览表

声明

前言

第一部分 糠秕马拉色菌菌丝态和酵母态差异基因片段的筛选与鉴定

引言

材料与方法

结果

讨论

小结

第二部分 糠秕马拉色菌菌丝态及酵母态差异片段序列测定及生物信息学分析

引言

方法

结果

讨论

小结

全文总结

参考文献

附图

综述 马拉色菌的研究进展

致谢

附录