利用线粒体CoⅠ基因进行我国蚋科七亚属的系统发育研究

摘要

目的:利用细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(Cytochrome Oxidase subunitⅠ，COⅠ)基因序列信息，在DNA水平上对我国蚋科进行系统发育研究。测定纳克蚋Simulium（Simulium）nacojapi、内蒙蚋S(Si.)leimonese、辽宁蚋S(Si.)liaoningense、宽跗副布蚋＆.（Parabyssodon）transiens、红头厌蚋S.（Boophthora） erythrocephala和长鞭纺蚋S.（Nevermannia） longiflagellum共6蚋种的线粒体COⅠ基因全序列，并结合本课题组之前所测得的3亚属8蚋种的线粒体COⅠ基因序列，对共计2属7亚属14蚋种进行生物信息学和系统发育分析。
　　方法:提取6蚋种基因组DNA，用PCR扩增出COⅠ基因，克隆PCR产物并测序。用Primer Premier5.0、 ClustalX、NCBI ORF Finder、 DNAMAN、pBlast、ScanProsite、SOMPA、MEGA4.0等相关软件分析2属7亚属14蚋种的测序结果。
　　结果:测得6蚋种19个体的55条COⅠ基因全序列，长度为1538-1539bp。6蚋种核苷酸序列变异以碱基替换为主;推测氨基酸序列突变以同义突变为主。将上述结果与本课题组前期所累积的3亚属8蚋种的COⅠ基因序列共同进行分析，构建了蚋科2属7亚属的系统发育树，结果显示除了蚋属维蚋亚属的兴义维蚋之外，其他蚋属的亚属和后克蚋属互为姐妹群。提示维蚋亚属和后克蚋属在现行分类系统中的地位需要调整，可将维蚋亚属提升至属级阶元，而后克蚋属应降级为蚋属的亚属水平。但由于参与系统发育分析的阶元较少，尚不能重建蚋科的系统发育。
　　结论:用蚋类COⅠ基因序列进行系统发育分析可对蚋种进行区分，但用从COⅠ基因序列推导的氨基酸序列进行系统发育分析不能区分蚋种。在现行分类系统中，蚋属维蚋亚属可提升至属级，而后克蚋属降为蚋属后克蚋亚属比较合理。

目录

摘要

前言

材料

1．蚋种来源

2．主要仪器

3．主要试剂

方法

1．标本的鉴别及保存

2．单蚋基因组DNA提取

3．线粒体DNA COI基因全序列的扩增

4．PCR产物的纯化及质／量检测

5．PCR产物的克隆

6．序列分析

结果

1．PCR扩增及克隆结果

2．序列概况

3．核酸序列的分析

4．氨基酸序列的分析

5．COI基因编码蛋白的结构域分析及二级结构的预测

6．系统发育分析

讨论

1．核苷酸序列的分析

2．氨基酸序列的分析

3．系统发育分析

结论

参考文献

主要英文缩略词表

致谢

声明

综述