本发明公开了一种毕赤酵母来源的生长依赖型启动子及其应用。所述生长依赖型启动子是所述的核苷酸序列中的任意一个：(I)SEQ ID No.1，编码某未知功能蛋白表达启动子的核苷酸序列；(II)SEQ ID No.2，编码热激蛋白9/12家族表达启动子的核苷酸序列。本发明中提供的生长依赖型启动子能够驱动目标基因的表达，且其表达强度伴随着毕赤酵母从生长迟缓期、对数生长期至稳定期逐渐升高。利用其构建的表达载体可以在毕赤酵母中实现各种不同目标基因的高效表达，因此，该启动子在重组蛋白表达领域具有广泛的应用前景。
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