基于图的映射核酸片段的系统和方法

摘要

提供了将长核酸序列读段映射到目标序列的技术方案。对于具有杂合基因组的生物体，获得表示全部或一些基因组并包含一个或多个非线性拓扑组件的有向图。每个非线性拓扑组件具有至少由第一分支和第二分支连接的起始节点和终止节点。这些分支之一对应于目标序列。有向图使用来自生物体的生物样品的多个序列读段。序列读段重叠一不受限制的突出量，前提是每两个序列读段之间存在最小的共有区。获得至少包含第一非线性拓扑组件的起始节点或终止节点的查询序列。有向图用于形成查询序列到有向图的映射。