大批量单细胞RNA‑seq数据质量控制和分析方法

摘要

本发明公开了一种大批量单细胞RNA‑seq数据质量控制和分析方法，其特征在于，包括以下步骤：第一步、原始测序文件的FASTQ格式或者比对完的SAM/BAM格式作为输入文件，运行相关命令；第二步、测序片段水平的质量控制；第三步、多细胞水平的质量控制；第四步、单个细胞层面的质量控制；第五步、细胞聚类和细胞特异峰的探测；第六步、给用户提供一份质量控制的报告文档。本发明可适用于不同类型的单细胞转录组数据，并对不同类型的大批量的转录组进行质量控制和细胞间的异质性分析。