快速准确计算蛋白酶与药物分子之间亲和自由能的算法

摘要

本发明属于制药技术领域，涉及一种快速准确计算蛋白酶与药物分子之间亲和自由能的算法，其特征是,分别计算自由态的配体，受体，以及结合态的受体‑配体综合体的标准化学势，它们之间的差值就是标准结合自由能，其中标准化学势计算时，首先找到该类分子的M个最稳态构象，j表示最稳态构象对应的能量井，j＝1…N，然后计算每一个最稳态构象对应的能量井j的构型积分zj,并由此算出相应的玻尔兹曼因子RT，最后合并所有的构型积分而得到配体、受体或结合态的受体‑配体综合体的标准化学势。本发明通过计算机模拟替代实验的手段，大大提高先导药物筛选和优化的准确性，并且大幅减少筛选和优化的时间和成本。