HIV-1蛋白酶与抑制剂BEB的结合自由能计算

摘要

HIV-1蛋白酶（PR）是治疗艾滋病的重要靶标酶之一．笔者采用分子动力学模拟，运用MM—PBSA方法计算了PR与抑制剂BEB复合物的绝对结合自由能；运用能量分解的方法考察了PR的主要残基与BEB间的相互作用与识别，结果表明：残基GLY27、ALA28／ALA28＇,GLY49、ILE50／ILE50和ILE84／ILE84为PR与BEB的结合自由能提供了主要贡献．抑制剂BEB骨架上的OH基和NH基与残基ASP25／ASP25＇,ASP29和GLY27之间的氢键相互作用有利于复合物的稳定．计算结果与实验值吻合较好．